ENSBBAU15L - Bioinformatique pour la génomique et la protéomique: méthodes

Responsable Jacques van Helden
Identifiant ENSBBAU15L
Ancien identifiant ENSBBAU3L
Abréviation BBSG Bioinfo 1
Volume horaire 18hCM + 12hTD

(Volume horaire avant 2015 : 2h CM + 24h TP)

Objectif(s)

Conduire une analyse poussée de séquences in silico : organisation des séquences géniques et protéiques, étude phylogénétique, aspect structuraux et mécanismes de régulation transcriptionnelle. 4 TD sur ordinateur de 4 heures chacun couvrant chacun un champ thématique ; séance finale de bilan et de correction des exercices rendus.

Description

Cette unité vise à approfondir les notions de base sur l’analyse in silico de séquences biologiques, en abordant notamment de manière plus complète: la recherche et la caractérisation de domaines protéiques - la reconstruction phylogénétique - l’analyse et la prédiction de structures protéiques 3D - l’intégration de données génomiques hétérogènes pour la prédiction de fonction. L’accent est mis avant tout sur la pratique; l’objectif est de fournir aux étudiants la maîtrise des outils bioinformatiques permettant une analyse approfondie de séquences biologiques protéiques autour des quatre points évoqués ci-dessus. Elle s’organise donc sous forme de série de 4 TP (4x4 heures) abordant ces thèmes, au cours desquels les étudiants apprennent à manipuler et comparer différents outils, et à interpréter de manière critique les résultats. Chaque TP débute par une introduction théorique aux notions abordées durant la séance et se poursuivent par une partie pratique qui aborde à la fois des exercices d’application simples, mais également la résolution de problèmes plus complets d’une manière semi-autonome.

Prérequis

Notions de base en bioinformatique: banques de données courantes (GenBank, Swissprot, etc…), centres de ressource (NCBI) - Familiarité avec les outils de base de la bioinformatique: BLAST, ClustalW,… - Notions de phylogénie moléculaire.


ENSBBAU22L - Bioinformatique pour la génomique et la protéomique: applications

Responsable Pedro Coutinho
Identifiant ENSBBAU22L
Ancien identifiant ENSBBAU4L
Abréviation BBSG Bioinfo 1
Volume horaire 14hCM + 8hTD

Objectif(s)

Comprendre l’utilité, les bases algorithmiques et les outils les plus utilisés pour diverses méthodes bioinformatiques: alignement, phylogénie moléculaire, prédiction et modélisation d’aspects structuraux des protéines, cis-régulation - 2 TD sur ordinateur pour consolider des notions théoriques

Description

Cette unité vise à comprendre l’intérêt et les principes de plusieurs méthodes bioinformatiques reposant sur l’analyse de séquences biologiques: alignements multiples de séquences - prédiction de la structure secondaire - prédiction et modélisation de la structure des protéines - bases de la phylogénie moléculaire - cis-régulation. L’accent de cette demi-unité et faire le lien entre l’utilité, la mise en place et fiabilité de diverses méthodes et applications bioinformatiques d’intérêt général. Les étudiants sortiront avec des bases qui lui permettront de mieux comprendre l’utilité d’autres approches bioinformatiques. Elle s’organise autour de cours théoriques complétés par 2 TD (2x4 heures) de consolidation des notions vues en cours. Les séances de TD visent à illustrer les notions en cours.

Prérequis

Ce cours requiert le suivi de la demi-unité « Bioinformatique pour la génomique et la protéomique: méthodes » (SBBAU15L, Semestre 1) ou d’une unité équivalente


Contact: Jacques van Helden