L2 - BI4U2 - Bioinformatique appliquée

Ce site contient le matériel du cours de Bioinformatique appliquée prodigué aux étudiants de la 2ème licence en sciences de la vie de l'Université d'Aix-Marseille (AMU).

Le cours "Bioinformatique appliquée" (BI4U2) sera enseigné parallèlement

Les sujets abordés seront similaires, mais chaque enseignant utilisera ses propres supports visuels (diapos) pour les CM. Par contre, les TD et les évaluations seront identiques entre les deux campus.


Sites Web du cours

Matériel de cours

Le matériel de cours (diapos, topos des TD) se trouve sur le site Web accessible sans mot de passe:

Matériel de travaux pratiques

Les topos de TP sont accessibles sur ce site Web.

Les formulaires de réponse seront accessibles sur le site Ametice de l'environnement numérique de travail (ENT) de l'AMU (http://ametice.univ-amu.fr/). Cliquez sur le lien ci-dessous pour un accès direct au cours "Bioinformatique appliquée":

Attention: les formulaires de réponse ne seront accessibles, pour chaque groupe de TP, que pendant la durée de la séance en cours. Il est donc impératif que chaque binôme remette son rapport avant la clôture du TP.


Enseignants (2014)

Emese Meglecz CM + TD Site de Saint-Charles
Jacques van Helden
CM + TD Site de Luminy
Sébastien TempelTD
Aitor GonzalezTD
Audrey BrisebarreTD
Adrien AimardTD
Victoria SchmidtTD
Lucie GallotTD
Sabrina BaakliniTD

Examen

L'examen terminal prendra la forme d'un "examen sur table", qui consistera à analyser des résultats de programmes bioinformatiques vus aux TPs, et à résoudre des exercices sur base de la matière vue au cours. Nous vous recommandons donc de revoir à la fois la théorie (diapos, page "concepts" des TPs) et la pratique (résultats de TPs).

http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/courses/bioinfo_intro/BI4U2/annales/questions_exam_BI4U2_2013-06-25.pdf

Dans sa forme actuelle ce cours n'a commencé qu'en 2013. Nous ne disposons donc pas d'annales à long terme, mais nous plaçons à votre disposition le sujet d'examen de 2013, qui est illustratif du niveau de connaissance attendu pour l'épreuve de 2014. Nous vous recommandons cependant d'approfondir les notions de phylogénie, qui ont été abordés de façon plus détaillée.


Diapos

Diapos d'Emese Meglécz (Saint-Charles)

Chapitre Diapos pour écran Diapos pour impression Mise à jour
Introduction et bases des données pdf pdf 2014-03-18
Concepts, matrices des substitutions pdf pdf 2014-03-18
Dot-plot, programmation dynamique pdf pdf 2014-03-18
Recherche par similarité (BLAST) pdf pdf 2014-03-18
Alignement multiples, recherche des signaux pdf pdf 2014-03-18
Phylogénie pdf pdf 2014-04-03

Diapos de Jacques van Helden (Luminy)

-
Chapitre Diapos originales (ppt) Diapos pour écran (pdf) Diapos pour impression (pdf) Vu au cours Mise à jour
Introduction [pdf] [pdf] [pdf] 2015-03-25 2015-03-26
La vision des couleurs [pdf] [pdf] [pdf] 2015-03-25 2013-01-24
Bases de données biomoléculaires [pdf] [pdf] [pdf]
Note: pas vu au CM, mais mis en pratique lors des TP. A réviser.
2015-03-26
Concepts: événements évolutifs, similarité, homologie, ... [pdf] [pdf] [pdf] 2015-03-25 2014-04-04
Matrices de substitutions [pdf] [pdf] [pdf] 2015-04-03 2015-04-03
Alignements par paires et programmation dynamique
Note: la partie algorithmique (programmation dynamique) ne fait pas partie de la matière d'examen.
[pdf] [pdf] [pdf] 2015-04-03 2015-04-03
Recherche par similarité de séquences [pdf] [pdf] [pdf] 2014-04-01
Alignements multiples [pdf] [pdf] [pdf] 2014-04-04
Phylogénie [pdf] [pdf] [pdf] 2014-04-04

Emese Meglécz (IMBE, Aix-Marseille Université) & Jacques van Helden (TAGC, Aix-Marseille Université).