Enseignants

  • Denis Puthier (DP)
  • Arnaud Sergé
  • Nicolas Terrapon

Resources

Nom Lien Description
JGB53D http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/courses/jgb53d-bd-prog/ Site du cours
GNU Bash http://www.gnu.org/software/bash/ Un interpréteur de commandes installé par défaut sur la pluspart des environnements Linux.
Python https://www.python.org/ Un langage très populaire dans la communauté bioinformatique. Pour ce cours, nous utiliserons la version 3 de Python.
Python https://docs.python.org/3.3/ Official site for the documentation of the Python langage.
Python Style Guide https://www.python.org/dev/peps/pep-0008/ Un guide concis pour les règles d’écriture en Python.
Pylint http://www.pylint.org/ C’est l’ordinateur qui vous note, plus le prof…
Python Cheat Sheet python_refcard Pour tricher mais pas trop…

Cours théoriques

Vous trouverez ci-dessous des informations portant sur les concepts nécessaires à la réalisation des travaux dirigés.

Nom Description
Bioinformatique: applications dans le contexte de la génomique Les challenges en bioinformatique dans le domaine de la génomique notamment
Vue d’ensemble du système Unix Bash, arborescence, commandes de base, redirections, expressions régulières, réseau, exemple d’outils pour la bioinformatique…
Premiers pas avec Python Hello world, manipulation de variables.
Les tableaux en python Listes, tuples et dictionnaires.
Lire et écrire dans un fichier la-classe ‘file’, modes-d’ouverture, fermeture du fichier
Les fonctions définition et appel, passage d’arguments par noms, variable retour, portée des variables

Travaux dirigés

Vous trouverez ci-dessous la liste des exercices réalisés.

Nom Concept présentés
Découvrir le génome humain avec Unix Quelques statistiques basiques sur le génome humain effectués programmatiquement via le langage Bash
Découvrir le génome avec bedtools Consolidation des acquis sur les commandes de base. Présentation des commandes Bedtools (sortBed, mergeBed…)
Prise en main du langage avec ipython3 manipulation de variables (int, float, str), listes.
Re-implémentation de la commande cut Lecture de fichiers, méthodes des objets str, recherche dans l’aide, les listes.
Re-implémentation de la commande head Lecture de fichiers, méthode sur l’objet file, structure conditionnelle, import du module sys, boucle while, boucle for.
Implémentation d’une commande count.py Lecture de fichier, boucle for, listes, dictionnaires, module re (regular expression), l’importance du choix des structures de stockage.
Implémentation d’un programme tx_len.py Lecture de fichier, boucle for, dictionnaires, listes, module re (capture de motif), structure conditionnelles.
Implémentation d’un programme nb_exons.py Lecture de fichier, boucle for, dictionnaires, listes, module re (capture de motif), structure conditionnelles.
Exercice autour des fonctions. Créer des modules Insertion de fonctions dans le code. création d’un module.
Créer un programme complet appelant les modules Importer les modules dans un programme principal. Appeler ces modules. Créer un analyseur d’arguments
Calculer la taille des cDNAs Consolider les acquis
Extraire une liste de transcripts ou de gènes Consolider les acquis.
Enoncé examen 2014-2015 exercice.