$stepwise.lda
$stepwise.lda$max.p
[1] 15

$stepwise.lda$errors
 [1] 0.028846154 0.028846154 0.019230769 0.019230769 0.009615385 0.009615385
 [7] 0.009615385 0.009615385 0.009615385 0.019230769 0.028846154 0.038461538
[13] 0.038461538 0.028846154 0.048076923

$stepwise.lda$confusion.table
   step               error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL
1     1  0.0288461538461539         1        Pho4p.1      94       2       1
2     2  0.0288461538461539         8      Pho4p.t.2      94       2       1
3     3  0.0192307692307693         2        Pho4p.2      96       0       2
4     4  0.0192307692307693         5      Pho4p.g.2      96       0       2
5     5 0.00961538461538458         4      Pho4p.g.1      96       0       1
6     6 0.00961538461538458         6      Pho4p.g.3      96       0       1
7     7 0.00961538461538458         9      Pho4p.t.3      96       0       1
8     8 0.00961538461538458        14       Met31p.2      96       0       1
9     9 0.00961538461538458        15       Met31p.3      96       0       1
10   10  0.0192307692307693         3        Pho4p.3      95       1       1
11   11  0.0288461538461539        10        Met4p.1      94       2       1
12   12  0.0384615384615384        11        Met4p.2      94       2       2
13   13  0.0384615384615384        12        Met4p.3      94       2       2
14   14  0.0288461538461539        13       Met31p.1      95       1       2
15   15  0.0480769230769231         7      Pho4p.t.1      95       1       4
   PHO.PHO
1        7
2        7
3        6
4        6
5        7
6        7
7        7
8        7
9        7
10       7
11       7
12       6
13       6
14       6
15       4

$stepwise.lda$best.pda
$stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$stepwise.lda$best.pda$posterior
                 CTL          PHO
YAL038W 7.965032e-01 2.034968e-01
YAR071W 3.388273e-04 9.996612e-01
YBL005W 9.999995e-01 5.027392e-07
YBL030C 9.999997e-01 3.209931e-07
YBR006W 9.999875e-01 1.248407e-05
YBR018C 9.999989e-01 1.142965e-06
YBR020W 9.999998e-01 2.182245e-07
YBR093C 2.585030e-03 9.974150e-01
YBR115C 1.000000e+00 7.481128e-09
YBR184W 9.999975e-01 2.537476e-06
YBR213W 9.999946e-01 5.366225e-06
YBR296C 2.907842e-03 9.970922e-01
YCL018W 9.999997e-01 3.136296e-07
YDL131W 9.999879e-01 1.210967e-05
YDL182W 9.997690e-01 2.310062e-04
YDL205C 9.999998e-01 1.843386e-07
YDL210W 9.999987e-01 1.338495e-06
YDR011W 9.999996e-01 4.158924e-07
YDR044W 1.000000e+00 1.922981e-08
YDR234W 9.999929e-01 7.067700e-06
YDR285W 1.000000e+00 2.746754e-08
YDR406W 9.999976e-01 2.443476e-06
YDR481C 9.915212e-01 8.478801e-03
YDR502C 9.999685e-01 3.151066e-05
YEL021W 9.999998e-01 1.813214e-07
YEL039C 9.999997e-01 3.140912e-07
YER026C 9.999917e-01 8.280237e-06
YER086W 1.000000e+00 2.659404e-10
YER091C 9.972746e-01 2.725357e-03
YER179W 9.999997e-01 2.684463e-07
YFR030W 9.992642e-01 7.358027e-04
YGL009C 9.999999e-01 6.200187e-08
YGL073W 7.529262e-01 2.470738e-01
YGL213C 9.427419e-01 5.725808e-02
YGR019W 9.961252e-01 3.874811e-03
YGR044C 9.999926e-01 7.437512e-06
YGR088W 9.996475e-01 3.524736e-04
YGR121C 9.999988e-01 1.165344e-06
YGR157W 9.999961e-01 3.860136e-06
YGR233C 1.347238e-01 8.652762e-01
YGR281W 9.994760e-01 5.240029e-04
YHL022C 1.000000e+00 1.980744e-08
YHL036W 9.957400e-01 4.259979e-03
YHR007C 9.999461e-01 5.389244e-05
YHR008C 9.999963e-01 3.735760e-06
YHR014W 9.999879e-01 1.209630e-05
YHR037W 9.988953e-01 1.104661e-03
YHR136C 1.257127e-01 8.742873e-01
YHR153C 9.999294e-01 7.061018e-05
YIL015W 9.999993e-01 7.282073e-07
YIL046W 5.890541e-01 4.109459e-01
YIL072W 9.999995e-01 5.304561e-07
YIR017C 9.998964e-01 1.035908e-04
YIR034C 8.857197e-01 1.142803e-01
YJL106W 9.999254e-01 7.455425e-05
YJL117W 3.827189e-01 6.172811e-01
YJL153C 9.999984e-01 1.626684e-06
YJL219W 9.998283e-01 1.717205e-04
YJR010W 9.998590e-01 1.409650e-04
YJR048W 9.999965e-01 3.479809e-06
YJR073C 9.729732e-01 2.702676e-02
YJR094C 9.999193e-01 8.065775e-05
YJR137C 9.946207e-01 5.379312e-03
YJR152W 9.999063e-01 9.374672e-05
YKL001C 9.981852e-01 1.814796e-03
YKL182W 9.999998e-01 2.061234e-07
YKL216W 9.999997e-01 3.430954e-07
YKR039W 9.999999e-01 6.670782e-08
YKR069W 9.158720e-01 8.412801e-02
YLR081W 9.999756e-01 2.442356e-05
YLR142W 9.999826e-01 1.736332e-05
YLR180W 9.980476e-01 1.952355e-03
YLR263W 1.000000e+00 3.780989e-08
YLR303W 9.972447e-01 2.755284e-03
YLR329W 9.999812e-01 1.877248e-05
YLR420W 9.999851e-01 1.493622e-05
YLR438W 9.996057e-01 3.943007e-04
YML051W 9.999993e-01 6.710791e-07
YML054C 9.996004e-01 3.996029e-04
YML075C 9.999995e-01 4.784704e-07
YML123C 4.489956e-07 9.999996e-01
YMR108W 9.999610e-01 3.904154e-05
YMR133W 1.000000e+00 6.593467e-09
YNL052W 9.999678e-01 3.221368e-05
YNL104C 9.374390e-01 6.256101e-02
YNL142W 9.999997e-01 3.391895e-07
YNL210W 1.000000e+00 4.130750e-08
YNL241C 9.999877e-01 1.229035e-05
YNL277W 9.980355e-01 1.964533e-03
YNR001C 9.999999e-01 1.139774e-07
YNR050C 9.997762e-01 2.238001e-04
YOL006C 9.998264e-01 1.735556e-04
YOR065W 9.980557e-01 1.944334e-03
YOR120W 9.999997e-01 3.451870e-07
YOR153W 9.999028e-01 9.719900e-05
YOR328W 9.999775e-01 2.249262e-05
YOR351C 9.999999e-01 5.555204e-08
YOR375C 9.999723e-01 2.768468e-05
YPL111W 9.999994e-01 5.694100e-07
YPL231W 9.921173e-01 7.882721e-03
YPR065W 9.999957e-01 4.255951e-06
YPR138C 9.999998e-01 1.585587e-07
YPR145W 9.992637e-01 7.363201e-04
YPR167C 9.994230e-01 5.770336e-04

$stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$stepwise.lda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  96   1
   PHO   0   7
attr(,"error")
[1] 0.009615385


$stepwise.lda$best.p
[1] 9

$stepwise.lda$best.vars
[1]  1  8  2  5  4  6  9 14 15

$stepwise.lda$best.var.names
[1] "Pho4p.1"   "Pho4p.t.2" "Pho4p.2"   "Pho4p.g.2" "Pho4p.g.1" "Pho4p.g.3"
[7] "Pho4p.t.3" "Met31p.2"  "Met31p.3" 

$stepwise.lda$best.error
[1] 0.009615385

$stepwise.lda$pc.transform
[1] FALSE

$stepwise.lda$var.order
 [1]  1  8  2  5  4  6  9 14 15  3 10 11 12 13  7


$pc.stepwise.lda
$pc.stepwise.lda$max.p
[1] 15

$pc.stepwise.lda$errors
 [1] 0.06730769 0.04807692 0.03846154 0.02884615 0.02884615 0.02884615
 [7] 0.02884615 0.02884615 0.02884615 0.02884615 0.01923077 0.01923077
[13] 0.01923077 0.02884615 0.04807692

$pc.stepwise.lda$confusion.table
   step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL
1     1 0.0673076923076923         1         Comp.1      92       4       3
2     2 0.0480769230769231         2         Comp.2      94       2       3
3     3 0.0384615384615384         3         Comp.3      95       1       3
4     4 0.0288461538461539         8         Comp.8      96       0       3
5     5 0.0288461538461539         5         Comp.5      96       0       3
6     6 0.0288461538461539         6         Comp.6      96       0       3
7     7 0.0288461538461539         9         Comp.9      96       0       3
8     8 0.0288461538461539         4         Comp.4      96       0       3
9     9 0.0288461538461539         7         Comp.7      95       1       2
10   10 0.0288461538461539        11        Comp.11      95       1       2
11   11 0.0192307692307693        12        Comp.12      96       0       2
12   12 0.0192307692307693        14        Comp.14      96       0       2
13   13 0.0192307692307693        13        Comp.13      96       0       2
14   14 0.0288461538461539        10        Comp.10      96       0       3
15   15 0.0480769230769231        15        Comp.15      95       1       4
   PHO.PHO
1        5
2        5
3        5
4        5
5        5
6        5
7        5
8        5
9        6
10       6
11       6
12       6
13       6
14       5
15       4

$pc.stepwise.lda$best.pda
$pc.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$pc.stepwise.lda$best.pda$posterior
                 CTL          PHO
YAL038W 7.437020e-01 2.562980e-01
YAR071W 6.758839e-04 9.993241e-01
YBL005W 9.999999e-01 1.059952e-07
YBL030C 9.999996e-01 4.334208e-07
YBR006W 9.999997e-01 3.485691e-07
YBR018C 9.999997e-01 2.589566e-07
YBR020W 9.999997e-01 3.288246e-07
YBR093C 1.045421e-04 9.998955e-01
YBR115C 1.000000e+00 6.134900e-09
YBR184W 9.999997e-01 3.020918e-07
YBR213W 9.999990e-01 9.598079e-07
YBR296C 2.648112e-05 9.999735e-01
YCL018W 1.000000e+00 3.404987e-08
YDL131W 9.999954e-01 4.591989e-06
YDL182W 9.998983e-01 1.017368e-04
YDL205C 1.000000e+00 1.686015e-08
YDL210W 9.999999e-01 9.408187e-08
YDR011W 1.000000e+00 4.789789e-08
YDR044W 9.999999e-01 8.094782e-08
YDR234W 9.999851e-01 1.489025e-05
YDR285W 1.000000e+00 2.644899e-10
YDR406W 9.999996e-01 4.411183e-07
YDR481C 9.942635e-01 5.736496e-03
YDR502C 9.999989e-01 1.124899e-06
YEL021W 1.000000e+00 5.315633e-09
YEL039C 1.000000e+00 2.364114e-08
YER026C 9.999925e-01 7.530690e-06
YER086W 1.000000e+00 3.987382e-11
YER091C 9.998033e-01 1.967426e-04
YER179W 9.999999e-01 1.316688e-07
YFR030W 9.999916e-01 8.382907e-06
YGL009C 1.000000e+00 8.653447e-09
YGL073W 7.989990e-01 2.010010e-01
YGL213C 8.070869e-01 1.929131e-01
YGR019W 9.996168e-01 3.832085e-04
YGR044C 9.997893e-01 2.107095e-04
YGR088W 9.998830e-01 1.169958e-04
YGR121C 9.999986e-01 1.354963e-06
YGR157W 9.999943e-01 5.669838e-06
YGR233C 4.895999e-01 5.104001e-01
YGR281W 9.998579e-01 1.420657e-04
YHL022C 1.000000e+00 2.059064e-09
YHL036W 9.978273e-01 2.172738e-03
YHR007C 9.999961e-01 3.928536e-06
YHR008C 9.999982e-01 1.777232e-06
YHR014W 9.999988e-01 1.232745e-06
YHR037W 9.990087e-01 9.912694e-04
YHR136C 4.138406e-01 5.861594e-01
YHR153C 9.999446e-01 5.538836e-05
YIL015W 9.999999e-01 7.829334e-08
YIL046W 7.834719e-01 2.165281e-01
YIL072W 9.999998e-01 1.513453e-07
YIR017C 9.999947e-01 5.296755e-06
YIR034C 8.125161e-01 1.874839e-01
YJL106W 9.999961e-01 3.942210e-06
YJL117W 5.200599e-01 4.799401e-01
YJL153C 9.999991e-01 9.142823e-07
YJL219W 9.996076e-01 3.923814e-04
YJR010W 9.999865e-01 1.352940e-05
YJR048W 9.999987e-01 1.335344e-06
YJR073C 9.668255e-01 3.317454e-02
YJR094C 9.999206e-01 7.940011e-05
YJR137C 9.997439e-01 2.561007e-04
YJR152W 9.999916e-01 8.360310e-06
YKL001C 1.000000e+00 2.802567e-08
YKL182W 1.000000e+00 9.202353e-09
YKL216W 9.999998e-01 2.220328e-07
YKR039W 1.000000e+00 1.848933e-08
YKR069W 9.937401e-01 6.259910e-03
YLR081W 9.999996e-01 4.096988e-07
YLR142W 9.999989e-01 1.122322e-06
YLR180W 9.991415e-01 8.584906e-04
YLR263W 1.000000e+00 7.167229e-09
YLR303W 9.999993e-01 7.328811e-07
YLR329W 9.999936e-01 6.425599e-06
YLR420W 9.999930e-01 7.044724e-06
YLR438W 9.995643e-01 4.357087e-04
YML051W 9.999999e-01 1.118885e-07
YML054C 9.976717e-01 2.328321e-03
YML075C 9.999997e-01 3.392605e-07
YML123C 1.160443e-09 1.000000e+00
YMR108W 9.999993e-01 6.764861e-07
YMR133W 1.000000e+00 2.876400e-10
YNL052W 9.999997e-01 3.084534e-07
YNL104C 9.806566e-01 1.934335e-02
YNL142W 1.000000e+00 2.879009e-08
YNL210W 1.000000e+00 7.154777e-09
YNL241C 9.999890e-01 1.098640e-05
YNL277W 9.999749e-01 2.508434e-05
YNR001C 9.999999e-01 1.079410e-07
YNR050C 9.972602e-01 2.739843e-03
YOL006C 9.999765e-01 2.347410e-05
YOR065W 9.953051e-01 4.694859e-03
YOR120W 1.000000e+00 4.928570e-09
YOR153W 9.999482e-01 5.179995e-05
YOR328W 9.999861e-01 1.388058e-05
YOR351C 1.000000e+00 2.088119e-09
YOR375C 9.999209e-01 7.910702e-05
YPL111W 9.999996e-01 3.896202e-07
YPL231W 9.995736e-01 4.264059e-04
YPR065W 1.000000e+00 2.237821e-08
YPR138C 9.999999e-01 9.054261e-08
YPR145W 9.998496e-01 1.503544e-04
YPR167C 9.999998e-01 2.253041e-07

$pc.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$pc.stepwise.lda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$pc.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$pc.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$pc.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$pc.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$pc.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  96   2
   PHO   0   6
attr(,"error")
[1] 0.01923077


$pc.stepwise.lda$best.p
[1] 13

$pc.stepwise.lda$best.vars
 [1]  1  2  3  8  5  6  9  4  7 11 12 14 13

$pc.stepwise.lda$best.var.names
 [1] "Comp.1"  "Comp.2"  "Comp.3"  "Comp.8"  "Comp.5"  "Comp.6"  "Comp.9" 
 [8] "Comp.4"  "Comp.7"  "Comp.11" "Comp.12" "Comp.14" "Comp.13"

$pc.stepwise.lda$best.error
[1] 0.01923077

$pc.stepwise.lda$pc.transform
[1] TRUE

$pc.stepwise.lda$var.order
 [1]  1  2  3  8  5  6  9  4  7 11 12 14 13 10 15


$permut.stepwise.lda
$permut.stepwise.lda$confusion.table
         error CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL PHO.PHO
1   0.06730769      96       0       7       1
2   0.07692308      96       0       8       0
3   0.07692308      96       0       8       0
4   0.06730769      96       0       7       1
5   0.07692308      96       0       8       0
6   0.07692308      96       0       8       0
7   0.07692308      95       1       7       1
8   0.07692308      96       0       8       0
9   0.07692308      96       0       8       0
10  0.07692308      96       0       8       0
11  0.06730769      96       0       7       1
12  0.07692308      96       0       8       0
13  0.07692308      96       0       8       0
14  0.07692308      94       2       6       2
15  0.07692308      96       0       8       0
16  0.07692308      96       0       8       0
17  0.06730769      96       0       7       1
18  0.07692308      96       0       8       0
19  0.07692308      96       0       8       0
20  0.07692308      96       0       8       0
21  0.06730769      96       0       7       1
22  0.07692308      96       0       8       0
23  0.07692308      96       0       8       0
24  0.07692308      96       0       8       0
25  0.07692308      94       2       6       2
26  0.07692308      96       0       8       0
27  0.07692308      96       0       8       0
28  0.07692308      96       0       8       0
29  0.07692308      96       0       8       0
30  0.07692308      96       0       8       0
31  0.07692308      96       0       8       0
32  0.07692308      96       0       8       0
33  0.07692308      96       0       8       0
34  0.07692308      96       0       8       0
35  0.07692308      95       1       7       1
36  0.07692308      94       2       6       2
37  0.07692308      96       0       8       0
38  0.07692308      96       0       8       0
39  0.07692308      96       0       8       0
40  0.07692308      96       0       8       0
41  0.07692308      96       0       8       0
42  0.07692308      96       0       8       0
43  0.07692308      96       0       8       0
44  0.07692308      96       0       8       0
45  0.06730769      96       0       7       1
46  0.07692308      96       0       8       0
47  0.07692308      96       0       8       0
48  0.07692308      96       0       8       0
49  0.07692308      96       0       8       0
50  0.07692308      94       2       6       2
51  0.07692308      96       0       8       0
52  0.07692308      96       0       8       0
53  0.06730769      96       0       7       1
54  0.07692308      96       0       8       0
55  0.07692308      96       0       8       0
56  0.07692308      96       0       8       0
57  0.07692308      96       0       8       0
58  0.07692308      96       0       8       0
59  0.07692308      95       1       7       1
60  0.07692308      94       2       6       2
61  0.07692308      96       0       8       0
62  0.07692308      96       0       8       0
63  0.07692308      96       0       8       0
64  0.07692308      96       0       8       0
65  0.07692308      96       0       8       0
66  0.07692308      96       0       8       0
67  0.07692308      96       0       8       0
68  0.07692308      96       0       8       0
69  0.07692308      96       0       8       0
70  0.07692308      96       0       8       0
71  0.07692308      96       0       8       0
72  0.07692308      96       0       8       0
73  0.07692308      96       0       8       0
74  0.07692308      96       0       8       0
75  0.07692308      96       0       8       0
76  0.07692308      96       0       8       0
77  0.07692308      96       0       8       0
78  0.07692308      96       0       8       0
79  0.07692308      96       0       8       0
80  0.07692308      96       0       8       0
81  0.07692308      96       0       8       0
82  0.07692308      96       0       8       0
83  0.06730769      96       0       7       1
84  0.07692308      96       0       8       0
85  0.07692308      96       0       8       0
86  0.07692308      96       0       8       0
87  0.07692308      96       0       8       0
88  0.07692308      96       0       8       0
89  0.07692308      96       0       8       0
90  0.07692308      96       0       8       0
91  0.06730769      95       1       6       2
92  0.07692308      96       0       8       0
93  0.06730769      95       1       6       2
94  0.07692308      96       0       8       0
95  0.07692308      96       0       8       0
96  0.07692308      95       1       7       1
97  0.07692308      96       0       8       0
98  0.07692308      96       0       8       0
99  0.07692308      96       0       8       0
100 0.07692308      96       0       8       0

$permut.stepwise.lda$errors
     permut.1   permut.2   permut.3   permut.4   permut.5   permut.6   permut.7
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
13 0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308
14 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.08653846
15 0.12500000 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.10576923 0.12500000 0.08653846
     permut.8   permut.9  permut.10  permut.11  permut.12  permut.13  permut.14
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.08653846
10 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.08653846
11 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.06730769 0.08653846 0.07692308 0.09615385
12 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.06730769 0.08653846 0.07692308 0.11538462
13 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.11538462
14 0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.12500000
15 0.11538462 0.11538462 0.11538462 0.08653846 0.11538462 0.10576923 0.11538462
    permut.15  permut.16  permut.17  permut.18  permut.19  permut.20  permut.21
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
10 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308
12 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.08653846
13 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.08653846
14 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.11538462 0.08653846 0.09615385 0.08653846
15 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.12500000 0.09615385 0.10576923 0.08653846
    permut.22  permut.23  permut.24  permut.25  permut.26  permut.27  permut.28
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846
13 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308
14 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.08653846
15 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.11538462 0.09615385 0.08653846 0.11538462
    permut.29  permut.30  permut.31  permut.32  permut.33  permut.34  permut.35
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846
11 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.08653846
13 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.09615385
14 0.10576923 0.08653846 0.11538462 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.10576923
15 0.12500000 0.11538462 0.14423077 0.10576923 0.09615385 0.10576923 0.11538462
    permut.36  permut.37  permut.38  permut.39  permut.40  permut.41  permut.42
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.07692308
13 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.07692308
14 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.10576923 0.12500000 0.07692308 0.07692308
15 0.10576923 0.09615385 0.11538462 0.10576923 0.12500000 0.08653846 0.08653846
    permut.43  permut.44  permut.45  permut.46  permut.47  permut.48  permut.49
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.08653846 0.08653846
13 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.09615385
14 0.07692308 0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.09615385
15 0.09615385 0.10576923 0.12500000 0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.10576923
    permut.50  permut.51  permut.52  permut.53  permut.54  permut.55  permut.56
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.08653846
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.08653846
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.09615385
12 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.09615385
13 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.10576923
14 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.11538462
15 0.08653846 0.11538462 0.07692308 0.09615385 0.10576923 0.07692308 0.12500000
    permut.57  permut.58  permut.59  permut.60  permut.61  permut.62  permut.63
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308
11 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308
12 0.09615385 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.08653846
13 0.09615385 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.09615385
14 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.10576923 0.08653846
15 0.11538462 0.12500000 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.11538462 0.11538462
    permut.64  permut.65  permut.66  permut.67  permut.68  permut.69  permut.70
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308
12 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308
13 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.07692308
14 0.10576923 0.10576923 0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.07692308
15 0.10576923 0.10576923 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.10576923 0.07692308
    permut.71  permut.72  permut.73  permut.74  permut.75  permut.76  permut.77
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
13 0.08653846 0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846
14 0.08653846 0.10576923 0.10576923 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.10576923
15 0.11538462 0.10576923 0.12500000 0.11538462 0.09615385 0.10576923 0.10576923
    permut.78  permut.79  permut.80  permut.81  permut.82  permut.83  permut.84
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308
9  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308
10 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846
11 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846
12 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.06730769 0.08653846
13 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846
14 0.08653846 0.11538462 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.09615385
15 0.08653846 0.12500000 0.10576923 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.09615385
    permut.85  permut.86  permut.87  permut.88  permut.89  permut.90  permut.91
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
9  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
11 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
12 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
13 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.06730769
14 0.10576923 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.07692308 0.09615385 0.07692308
15 0.12500000 0.10576923 0.11538462 0.10576923 0.07692308 0.09615385 0.07692308
    permut.92  permut.93  permut.94  permut.95  permut.96  permut.97  permut.98
1  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308
12 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.08653846
13 0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.08653846
14 0.09615385 0.11538462 0.08653846 0.09615385 0.11538462 0.08653846 0.08653846
15 0.10576923 0.12500000 0.09615385 0.10576923 0.13461538 0.11538462 0.09615385
    permut.99 permut.100   err.mean       err.sd    err.sterr
1  0.07692308 0.07692308 0.07682692 0.0009615385 9.615385e-05
2  0.07692308 0.07692308 0.07673077 0.0013529355 1.352936e-04
3  0.07692308 0.07692308 0.07673077 0.0013529355 1.352936e-04
4  0.07692308 0.07692308 0.07644231 0.0021061819 2.106182e-04
5  0.07692308 0.07692308 0.07634615 0.0022950313 2.295031e-04
6  0.07692308 0.07692308 0.07625000 0.0024656962 2.465696e-04
7  0.07692308 0.07692308 0.07634615 0.0022950313 2.295031e-04
8  0.07692308 0.07692308 0.07663462 0.0025403180 2.540318e-04
9  0.08653846 0.07692308 0.07769231 0.0044663185 4.466318e-04
10 0.08653846 0.07692308 0.07778846 0.0047529911 4.752991e-04
11 0.08653846 0.08653846 0.07961538 0.0064219008 6.421901e-04
12 0.08653846 0.08653846 0.08365385 0.0083691181 8.369118e-04
13 0.09615385 0.09615385 0.08663462 0.0093189544 9.318954e-04
14 0.10576923 0.07692308 0.09336538 0.0118589744 1.185897e-03
15 0.12500000 0.10576923 0.10442308 0.0142041794 1.420418e-03

$permut.stepwise.lda$best.p
[1] 14

$permut.stepwise.lda$best.error
[1] 0.07692308

$permut.stepwise.lda$best.pda
$permut.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.stepwise.lda$best.pda$posterior
              CTL          PHO
YAL038W 0.9898602 0.0101397932
YAR071W 0.9897232 0.0102767790
YBL005W 0.9640761 0.0359239196
YBL030C 0.9414830 0.0585170057
YBR006W 0.8137635 0.1862364583
YBR018C 0.9768589 0.0231411255
YBR020W 0.9478108 0.0521891817
YBR093C 0.5860262 0.4139737947
YBR115C 0.9588517 0.0411482668
YBR184W 0.9884555 0.0115444578
YBR213W 0.9745935 0.0254064597
YBR296C 0.6088333 0.3911667079
YCL018W 0.9187221 0.0812779224
YDL131W 0.9313971 0.0686028613
YDL182W 0.9952930 0.0047070140
YDL205C 0.9931340 0.0068660275
YDL210W 0.9741597 0.0258403097
YDR011W 0.9621252 0.0378748366
YDR044W 0.9829322 0.0170678100
YDR234W 0.9887732 0.0112267529
YDR285W 0.9904164 0.0095835932
YDR406W 0.9719939 0.0280061261
YDR481C 0.7406785 0.2593214672
YDR502C 0.8906281 0.1093719306
YEL021W 0.9672333 0.0327667306
YEL039C 0.9848833 0.0151166913
YER026C 0.7929845 0.2070154854
YER086W 0.9657421 0.0342579119
YER091C 0.9966692 0.0033308304
YER179W 0.9244380 0.0755620470
YFR030W 0.9389930 0.0610070130
YGL009C 0.9803556 0.0196444064
YGL073W 0.9543992 0.0456008400
YGL213C 0.8823137 0.1176863089
YGR019W 0.5574390 0.4425610322
YGR044C 0.7501825 0.2498174646
YGR088W 0.9518609 0.0481391199
YGR121C 0.9764272 0.0235728136
YGR157W 0.9846078 0.0153922320
YGR233C 0.9547217 0.0452783116
YGR281W 0.9994439 0.0005560637
YHL022C 0.9569160 0.0430839703
YHL036W 0.9863021 0.0136979089
YHR007C 0.9090321 0.0909679416
YHR008C 0.9625874 0.0374125998
YHR014W 0.9421130 0.0578869514
YHR037W 0.9343587 0.0656412731
YHR136C 0.9381887 0.0618113080
YHR153C 0.9775479 0.0224520634
YIL015W 0.9145342 0.0854657830
YIL046W 0.8651881 0.1348118967
YIL072W 0.8120003 0.1879996536
YIR017C 0.8711290 0.1288710220
YIR034C 0.9659185 0.0340814951
YJL106W 0.9744157 0.0255843001
YJL117W 0.9148343 0.0851657489
YJL153C 0.8075326 0.1924674491
YJL219W 0.9063879 0.0936121477
YJR010W 0.7913587 0.2086412784
YJR048W 0.9945271 0.0054729405
YJR073C 0.9747976 0.0252023693
YJR094C 0.9598034 0.0401965915
YJR137C 0.8605418 0.1394582273
YJR152W 0.9244930 0.0755069787
YKL001C 0.9902067 0.0097932782
YKL182W 0.9861498 0.0138502205
YKL216W 0.9655235 0.0344764995
YKR039W 0.9897318 0.0102682029
YKR069W 0.5990924 0.4009076292
YLR081W 0.9358724 0.0641276429
YLR142W 0.9670092 0.0329908386
YLR180W 0.5592057 0.4407943130
YLR263W 0.7366796 0.2633203938
YLR303W 0.7808835 0.2191164925
YLR329W 0.9878414 0.0121585800
YLR420W 0.7189819 0.2810181287
YLR438W 0.9062280 0.0937720228
YML051W 0.8722776 0.1277223657
YML054C 0.9406780 0.0593219791
YML075C 0.9992719 0.0007281032
YML123C 0.9249766 0.0750234047
YMR108W 0.9859897 0.0140102756
YMR133W 0.9711655 0.0288344952
YNL052W 0.9064126 0.0935874278
YNL104C 0.8660559 0.1339441195
YNL142W 0.9494352 0.0505648459
YNL210W 0.9867635 0.0132365086
YNL241C 0.9624146 0.0375854217
YNL277W 0.8239273 0.1760726871
YNR001C 0.9789509 0.0210491454
YNR050C 0.9147626 0.0852373580
YOL006C 0.9833998 0.0166001588
YOR065W 0.9919005 0.0080994526
YOR120W 0.9530855 0.0469144806
YOR153W 0.9986175 0.0013824688
YOR328W 0.9476865 0.0523135174
YOR351C 0.9833442 0.0166558275
YOR375C 0.9995046 0.0004953896
YPL111W 0.9880661 0.0119339493
YPL231W 0.7268314 0.2731685944
YPR065W 0.9879933 0.0120066541
YPR138C 0.9520375 0.0479624954
YPR145W 0.9912090 0.0087909676
YPR167C 0.9636420 0.0363579935

$permut.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL PHO PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$permut.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  96   8
   PHO   0   0
attr(,"error")
[1] 0.07692308



$permut.pc.stepwise.lda
$permut.pc.stepwise.lda$confusion.table
         error CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL PHO.PHO
1   0.07692308      96       0       8       0
2   0.07692308      96       0       8       0
3   0.07692308      96       0       8       0
4   0.07692308      96       0       8       0
5   0.07692308      96       0       8       0
6   0.04807692      96       0       5       3
7   0.06730769      96       0       7       1
8   0.07692308      96       0       8       0
9   0.07692308      96       0       8       0
10  0.07692308      96       0       8       0
11  0.07692308      96       0       8       0
12  0.07692308      96       0       8       0
13  0.07692308      96       0       8       0
14  0.07692308      96       0       8       0
15  0.07692308      96       0       8       0
16  0.07692308      96       0       8       0
17  0.07692308      96       0       8       0
18  0.07692308      96       0       8       0
19  0.05769231      96       0       6       2
20  0.07692308      96       0       8       0
21  0.07692308      96       0       8       0
22  0.07692308      96       0       8       0
23  0.06730769      96       0       7       1
24  0.07692308      96       0       8       0
25  0.07692308      96       0       8       0
26  0.07692308      96       0       8       0
27  0.07692308      96       0       8       0
28  0.07692308      96       0       8       0
29  0.07692308      96       0       8       0
30  0.07692308      96       0       8       0
31  0.07692308      96       0       8       0
32  0.07692308      96       0       8       0
33  0.07692308      96       0       8       0
34  0.07692308      96       0       8       0
35  0.07692308      96       0       8       0
36  0.05769231      96       0       6       2
37  0.07692308      96       0       8       0
38  0.07692308      96       0       8       0
39  0.07692308      96       0       8       0
40  0.07692308      96       0       8       0
41  0.07692308      95       1       7       1
42  0.04807692      96       0       5       3
43  0.07692308      96       0       8       0
44  0.07692308      96       0       8       0
45  0.07692308      96       0       8       0
46  0.07692308      96       0       8       0
47  0.07692308      96       0       8       0
48  0.07692308      96       0       8       0
49  0.07692308      96       0       8       0
50  0.07692308      96       0       8       0
51  0.05769231      96       0       6       2
52  0.07692308      96       0       8       0
53  0.07692308      96       0       8       0
54  0.05769231      96       0       6       2
55  0.07692308      96       0       8       0
56  0.07692308      96       0       8       0
57  0.07692308      96       0       8       0
58  0.07692308      96       0       8       0
59  0.07692308      96       0       8       0
60  0.05769231      96       0       6       2
61  0.07692308      96       0       8       0
62  0.07692308      96       0       8       0
63  0.07692308      95       1       7       1
64  0.07692308      96       0       8       0
65  0.07692308      96       0       8       0
66  0.07692308      96       0       8       0
67  0.05769231      96       0       6       2
68  0.07692308      96       0       8       0
69  0.07692308      96       0       8       0
70  0.07692308      96       0       8       0
71  0.07692308      96       0       8       0
72  0.07692308      96       0       8       0
73  0.07692308      96       0       8       0
74  0.05769231      95       1       5       3
75  0.07692308      96       0       8       0
76  0.07692308      96       0       8       0
77  0.07692308      96       0       8       0
78  0.07692308      96       0       8       0
79  0.07692308      96       0       8       0
80  0.07692308      96       0       8       0
81  0.05769231      96       0       6       2
82  0.07692308      96       0       8       0
83  0.07692308      96       0       8       0
84  0.07692308      96       0       8       0
85  0.07692308      96       0       8       0
86  0.07692308      96       0       8       0
87  0.07692308      96       0       8       0
88  0.07692308      96       0       8       0
89  0.07692308      96       0       8       0
90  0.07692308      96       0       8       0
91  0.07692308      96       0       8       0
92  0.07692308      96       0       8       0
93  0.07692308      96       0       8       0
94  0.07692308      96       0       8       0
95  0.07692308      96       0       8       0
96  0.07692308      96       0       8       0
97  0.07692308      96       0       8       0
98  0.07692308      96       0       8       0
99  0.07692308      96       0       8       0
100 0.07692308      96       0       8       0

$permut.pc.stepwise.lda$errors
     permut.1   permut.2   permut.3   permut.4   permut.5   permut.6   permut.7
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.04807692 0.08653846
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.04807692 0.06730769
12 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.04807692 0.07692308
13 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.06730769 0.08653846
14 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.09615385
15 0.10576923 0.12500000 0.08653846 0.10576923 0.13461538 0.09615385 0.10576923
     permut.8   permut.9  permut.10  permut.11  permut.12  permut.13  permut.14
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.09615385 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
13 0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.08653846
14 0.10576923 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.09615385
15 0.11538462 0.13461538 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.08653846 0.12500000
    permut.15  permut.16  permut.17  permut.18  permut.19  permut.20  permut.21
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.06730769 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.06730769 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308
13 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.08653846
14 0.09615385 0.09615385 0.07692308 0.11538462 0.08653846 0.07692308 0.10576923
15 0.11538462 0.10576923 0.08653846 0.12500000 0.08653846 0.08653846 0.09615385
    permut.22  permut.23  permut.24  permut.25  permut.26  permut.27  permut.28
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846
13 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.08653846
14 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.08653846 0.10576923
15 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.09615385 0.11538462 0.11538462
    permut.29  permut.30  permut.31  permut.32  permut.33  permut.34  permut.35
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.07692308
12 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.09615385 0.08653846 0.07692308
13 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.10576923 0.08653846 0.07692308
14 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.11538462 0.10576923 0.10576923 0.08653846
15 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.11538462 0.13461538 0.11538462 0.08653846
    permut.36  permut.37  permut.38  permut.39  permut.40  permut.41  permut.42
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769
4  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692
5  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692
6  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692
7  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.04807692
8  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231
9  0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231
10 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.05769231
11 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.06730769
12 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.06730769
13 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.07692308
14 0.08653846 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.08653846
15 0.10576923 0.12500000 0.12500000 0.14423077 0.08653846 0.12500000 0.09615385
    permut.43  permut.44  permut.45  permut.46  permut.47  permut.48  permut.49
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
13 0.08653846 0.11538462 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846
14 0.08653846 0.10576923 0.11538462 0.09615385 0.10576923 0.07692308 0.08653846
15 0.08653846 0.12500000 0.12500000 0.12500000 0.12500000 0.08653846 0.10576923
    permut.50  permut.51  permut.52  permut.53  permut.54  permut.55  permut.56
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308
11 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.08653846
12 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.08653846
13 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.09615385 0.09615385
14 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.10576923 0.09615385 0.08653846
15 0.10576923 0.10576923 0.11538462 0.10576923 0.11538462 0.10576923 0.10576923
    permut.57  permut.58  permut.59  permut.60  permut.61  permut.62  permut.63
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
13 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.06730769 0.07692308 0.09615385 0.08653846
14 0.08653846 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.08653846
15 0.10576923 0.12500000 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.10576923
    permut.64  permut.65  permut.66  permut.67  permut.68  permut.69  permut.70
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
12 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.08653846
13 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.10576923
14 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.11538462 0.09615385 0.08653846
15 0.08653846 0.11538462 0.11538462 0.09615385 0.13461538 0.10576923 0.08653846
    permut.71  permut.72  permut.73  permut.74  permut.75  permut.76  permut.77
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846 0.08653846 0.07692308
11 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846 0.08653846 0.07692308
12 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.10576923 0.09615385 0.08653846
13 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.09615385 0.10576923 0.08653846
14 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.11538462 0.10576923 0.08653846
15 0.10576923 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.12500000 0.10576923 0.09615385
    permut.78  permut.79  permut.80  permut.81  permut.82  permut.83  permut.84
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.05769231 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846
11 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.10576923
12 0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.10576923
13 0.08653846 0.09615385 0.10576923 0.06730769 0.08653846 0.09615385 0.11538462
14 0.09615385 0.11538462 0.10576923 0.07692308 0.10576923 0.10576923 0.11538462
15 0.11538462 0.14423077 0.13461538 0.09615385 0.09615385 0.12500000 0.14423077
    permut.85  permut.86  permut.87  permut.88  permut.89  permut.90  permut.91
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
10 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
11 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.11538462 0.08653846 0.08653846
13 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.11538462 0.08653846 0.08653846
14 0.09615385 0.09615385 0.07692308 0.10576923 0.13461538 0.10576923 0.10576923
15 0.10576923 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.09615385 0.10576923
    permut.92  permut.93  permut.94  permut.95  permut.96  permut.97  permut.98
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
5  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
6  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
7  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
8  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
9  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
10 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
11 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.07692308
12 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.11538462 0.07692308 0.07692308
13 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.12500000 0.07692308 0.08653846
14 0.09615385 0.07692308 0.11538462 0.07692308 0.14423077 0.07692308 0.08653846
15 0.10576923 0.09615385 0.12500000 0.07692308 0.15384615 0.08653846 0.12500000
    permut.99 permut.100   err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.07692308 0.07692308 0.07644231 0.003450676 0.0003450676
2  0.07692308 0.07692308 0.07625000 0.003926654 0.0003926654
3  0.07692308 0.07692308 0.07576923 0.004590063 0.0004590063
4  0.07692308 0.07692308 0.07528846 0.005807147 0.0005807147
5  0.07692308 0.07692308 0.07519231 0.006016459 0.0006016459
6  0.07692308 0.07692308 0.07509615 0.006065157 0.0006065157
7  0.07692308 0.07692308 0.07480769 0.006348773 0.0006348773
8  0.07692308 0.07692308 0.07567308 0.005902849 0.0005902849
9  0.07692308 0.07692308 0.07663462 0.005543870 0.0005543870
10 0.07692308 0.07692308 0.07778846 0.006424082 0.0006424082
11 0.07692308 0.07692308 0.08038462 0.008699590 0.0008699590
12 0.07692308 0.07692308 0.08355769 0.010992575 0.0010992575
13 0.08653846 0.07692308 0.08807692 0.012048430 0.0012048430
14 0.11538462 0.07692308 0.09509615 0.013313300 0.0013313300
15 0.14423077 0.09615385 0.10740385 0.017290147 0.0017290147

$permut.pc.stepwise.lda$best.p
[1] 14

$permut.pc.stepwise.lda$best.error
[1] 0.07692308

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda
$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$posterior
              CTL          PHO
YAL038W 0.9419683 0.0580317237
YAR071W 0.5924225 0.4075775136
YBL005W 0.9118470 0.0881530439
YBL030C 0.9780279 0.0219721213
YBR006W 0.9577474 0.0422526186
YBR018C 0.8597435 0.1402564588
YBR020W 0.9685203 0.0314796760
YBR093C 0.8961101 0.1038898637
YBR115C 0.9818558 0.0181441978
YBR184W 0.8572541 0.1427459306
YBR213W 0.9700438 0.0299562472
YBR296C 0.9900368 0.0099632030
YCL018W 0.9476682 0.0523318270
YDL131W 0.9384630 0.0615369597
YDL182W 0.9575180 0.0424819536
YDL205C 0.7961326 0.2038673515
YDL210W 0.9050119 0.0949881329
YDR011W 0.9394457 0.0605543336
YDR044W 0.9858042 0.0141958438
YDR234W 0.9891928 0.0108071516
YDR285W 0.9622127 0.0377873116
YDR406W 0.8444611 0.1555389020
YDR481C 0.9854771 0.0145229179
YDR502C 0.9797716 0.0202284220
YEL021W 0.9225723 0.0774276650
YEL039C 0.9434325 0.0565674723
YER026C 0.9837013 0.0162987029
YER086W 0.9690776 0.0309223836
YER091C 0.9981633 0.0018366607
YER179W 0.9829573 0.0170427017
YFR030W 0.9495530 0.0504470373
YGL009C 0.9567654 0.0432346417
YGL073W 0.9578191 0.0421808580
YGL213C 0.9060706 0.0939293703
YGR019W 0.9991797 0.0008203476
YGR044C 0.9989717 0.0010282882
YGR088W 0.9204849 0.0795151066
YGR121C 0.9066547 0.0933453379
YGR157W 0.9283884 0.0716115782
YGR233C 0.9135663 0.0864337173
YGR281W 0.9832796 0.0167203876
YHL022C 0.9342706 0.0657294298
YHL036W 0.9747046 0.0252954201
YHR007C 0.9741955 0.0258045040
YHR008C 0.9873596 0.0126404239
YHR014W 0.9884592 0.0115407612
YHR037W 0.9664683 0.0335316614
YHR136C 0.9050850 0.0949149534
YHR153C 0.9449332 0.0550667506
YIL015W 0.9441128 0.0558871727
YIL046W 0.9416491 0.0583509474
YIL072W 0.9977964 0.0022036040
YIR017C 0.9495292 0.0504707812
YIR034C 0.7841927 0.2158072777
YJL106W 0.7580144 0.2419856247
YJL117W 0.9286404 0.0713596384
YJL153C 0.9789602 0.0210397875
YJL219W 0.9681744 0.0318256252
YJR010W 0.9998841 0.0001158766
YJR048W 0.9854761 0.0145238660
YJR073C 0.9036917 0.0963082742
YJR094C 0.9855637 0.0144362887
YJR137C 0.8405032 0.1594967587
YJR152W 0.9909413 0.0090586751
YKL001C 0.7442141 0.2557859248
YKL182W 0.9742309 0.0257691181
YKL216W 0.9038078 0.0961921857
YKR039W 0.9079827 0.0920173220
YKR069W 0.9807491 0.0192509408
YLR081W 0.9816496 0.0183503502
YLR142W 0.9651924 0.0348076408
YLR180W 0.9238600 0.0761400145
YLR263W 0.9959680 0.0040320197
YLR303W 0.8238032 0.1761968428
YLR329W 0.9282601 0.0717399314
YLR420W 0.9446895 0.0553104516
YLR438W 0.9040678 0.0959322154
YML051W 0.8734192 0.1265807631
YML054C 0.9909668 0.0090332060
YML075C 0.9572768 0.0427231506
YML123C 0.7369269 0.2630730615
YMR108W 0.8239173 0.1760826738
YMR133W 0.9514677 0.0485322849
YNL052W 0.7118037 0.2881962831
YNL104C 0.6546033 0.3453967455
YNL142W 0.7757782 0.2242217817
YNL210W 0.8225613 0.1774386574
YNL241C 0.9052253 0.0947746531
YNL277W 0.9934673 0.0065326606
YNR001C 0.9814625 0.0185374504
YNR050C 0.9343141 0.0656858949
YOL006C 0.5169498 0.4830501788
YOR065W 0.9884764 0.0115235967
YOR120W 0.9169028 0.0830972202
YOR153W 0.9549151 0.0450849244
YOR328W 0.9073189 0.0926810754
YOR351C 0.9427440 0.0572559865
YOR375C 0.9916586 0.0083414028
YPL111W 0.7995002 0.2004997566
YPL231W 0.9688949 0.0311051111
YPR065W 0.8473973 0.1526027039
YPR138C 0.9134223 0.0865776654
YPR145W 0.6932128 0.3067872218
YPR167C 0.9925496 0.0074504248

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL
 [37] PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO
Levels: CTL PHO

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.pc.stepwise.lda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  96   8
   PHO   0   0
attr(,"error")
[1] 0.07692308



$stepwise.qda
$stepwise.qda$max.p
[1] 5

$stepwise.qda$errors
[1] 0.02884615 0.03846154 0.05769231 0.05769231 0.05769231

$stepwise.qda$confusion.table
  step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL
1    1 0.0288461538461539         1        Pho4p.1      94       2       1
2    2 0.0384615384615384         8      Pho4p.t.2      94       2       2
3    3 0.0576923076923077         2        Pho4p.2      94       2       4
4    4 0.0576923076923077         5      Pho4p.g.2      95       1       5
5    5 0.0576923076923077         4      Pho4p.g.1      95       1       5
  PHO.PHO
1       7
2       6
3       4
4       3
5       3

$stepwise.qda$best.pda
$stepwise.qda$best.pda$class
  [1] PHO PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$stepwise.qda$best.pda$posterior
              CTL          PHO
  [1,] 0.17459597 8.254040e-01
  [2,] 0.23221017 7.677898e-01
  [3,] 1.00000000 1.391021e-09
  [4,] 0.99998048 1.952124e-05
  [5,] 0.99999999 8.114200e-09
  [6,] 0.99997308 2.692278e-05
  [7,] 1.00000000 4.713152e-09
  [8,] 0.09242357 9.075764e-01
  [9,] 0.99999884 1.162878e-06
 [10,] 0.99946594 5.340566e-04
 [11,] 0.99998494 1.506115e-05
 [12,] 0.13834547 8.616545e-01
 [13,] 0.99999960 4.034574e-07
 [14,] 0.99999994 6.055536e-08
 [15,] 0.99994249 5.751004e-05
 [16,] 0.99979815 2.018506e-04
 [17,] 0.99999846 1.535249e-06
 [18,] 0.99999992 7.566288e-08
 [19,] 1.00000000 2.237152e-09
 [20,] 0.99956432 4.356829e-04
 [21,] 0.99999996 4.492681e-08
 [22,] 0.99999791 2.093690e-06
 [23,] 0.99707590 2.924105e-03
 [24,] 0.99192365 8.076351e-03
 [25,] 0.99999995 4.663944e-08
 [26,] 0.99999824 1.762748e-06
 [27,] 0.99990841 9.158993e-05
 [28,] 1.00000000 2.901479e-10
 [29,] 0.10689106 8.931089e-01
 [30,] 0.99994926 5.073889e-05
 [31,] 0.99951048 4.895247e-04
 [32,] 0.99995383 4.617411e-05
 [33,] 0.99993485 6.515269e-05
 [34,] 0.99633618 3.663825e-03
 [35,] 0.99957686 4.231420e-04
 [36,] 0.98654821 1.345179e-02
 [37,] 0.99971978 2.802208e-04
 [38,] 0.99999902 9.765886e-07
 [39,] 0.99922366 7.763394e-04
 [40,] 0.04882898 9.511710e-01
 [41,] 0.99670988 3.290120e-03
 [42,] 0.99999998 1.815584e-08
 [43,] 0.95497539 4.502461e-02
 [44,] 0.99999964 3.624050e-07
 [45,] 0.99999940 5.966252e-07
 [46,] 0.99992390 7.609696e-05
 [47,] 0.99409207 5.907928e-03
 [48,] 0.02658021 9.734198e-01
 [49,] 0.99870799 1.292015e-03
 [50,] 0.99999906 9.429932e-07
 [51,] 0.85387381 1.461262e-01
 [52,] 0.99999967 3.254448e-07
 [53,] 0.99881232 1.187681e-03
 [54,] 0.77695595 2.230440e-01
 [55,] 0.99814506 1.854936e-03
 [56,] 0.42436191 5.756381e-01
 [57,] 0.99956432 4.356829e-04
 [58,] 0.99999835 1.645169e-06
 [59,] 0.99993485 6.515269e-05
 [60,] 0.99999915 8.488328e-07
 [61,] 0.79927717 2.007228e-01
 [62,] 0.99973593 2.640687e-04
 [63,] 0.98620578 1.379422e-02
 [64,] 0.99992151 7.848997e-05
 [65,] 0.99998634 1.365825e-05
 [66,] 0.99999999 7.225559e-09
 [67,] 1.00000000 1.447397e-09
 [68,] 0.99999846 1.535249e-06
 [69,] 0.93387829 6.612171e-02
 [70,] 0.99998802 1.198372e-05
 [71,] 0.99081306 9.186942e-03
 [72,] 0.99997850 2.150459e-05
 [73,] 0.99971135 2.886502e-04
 [74,] 0.99171227 8.287734e-03
 [75,] 0.99999944 5.558073e-07
 [76,] 0.99999079 9.211875e-06
 [77,] 0.99986776 1.322402e-04
 [78,] 0.99999946 5.364343e-07
 [79,] 0.99999016 9.839852e-06
 [80,] 0.99948120 5.187958e-04
 [81,] 0.08990230 9.100977e-01
 [82,] 0.99999997 2.861585e-08
 [83,] 0.99999909 9.105265e-07
 [84,] 0.99998721 1.279440e-05
 [85,] 0.89620241 1.037976e-01
 [86,] 0.99999715 2.848337e-06
 [87,] 0.99999940 5.966252e-07
 [88,] 0.99995799 4.200837e-05
 [89,] 0.98585515 1.414485e-02
 [90,] 0.99936489 6.351140e-04
 [91,] 0.97319492 2.680508e-02
 [92,] 0.99652783 3.472168e-03
 [93,] 0.98720916 1.279084e-02
 [94,] 0.99988989 1.101150e-04
 [95,] 0.99787122 2.128777e-03
 [96,] 0.99991119 8.881121e-05
 [97,] 1.00000000 7.343171e-10
 [98,] 0.98229946 1.770054e-02
 [99,] 0.99999705 2.946995e-06
[100,] 0.99999768 2.320543e-06
[101,] 0.99569865 4.301348e-03
[102,] 0.99999997 2.971642e-08
[103,] 0.99662003 3.379972e-03
[104,] 0.99720285 2.797147e-03

$stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$stepwise.qda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  94   1
   PHO   2   7
attr(,"error")
[1] 0.02884615


$stepwise.qda$best.p
[1] 1

$stepwise.qda$best.vars
[1] 1

$stepwise.qda$best.var.names
[1] "Pho4p.1"

$stepwise.qda$best.error
[1] 0.02884615

$stepwise.qda$pc.transform
[1] FALSE

$stepwise.qda$var.order
 [1]  1  8  2  5  4  6  7  9 15  3 10 12 13 14 11


$pc.stepwise.qda
$pc.stepwise.qda$max.p
[1] 5

$pc.stepwise.qda$errors
[1] 0.07692308 0.04807692 0.03846154 0.04807692 0.04807692

$pc.stepwise.qda$confusion.table
  step              error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL
1    1 0.0769230769230769         1         Comp.1      91       5       3
2    2 0.0480769230769231         2         Comp.2      94       2       3
3    3 0.0384615384615384         3         Comp.3      95       1       3
4    4 0.0480769230769231         8         Comp.8      95       1       4
5    5 0.0480769230769231         5         Comp.5      96       0       5
  PHO.PHO
1       5
2       5
3       5
4       4
5       3

$pc.stepwise.qda$best.pda
$pc.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$pc.stepwise.qda$best.pda$posterior
                 CTL          PHO
YAL038W 9.765183e-01 2.348171e-02
YAR071W 2.062748e-04 9.997937e-01
YBL005W 1.000000e+00 3.424990e-29
YBL030C 1.000000e+00 3.860050e-21
YBR006W 1.000000e+00 1.691106e-20
YBR018C 1.000000e+00 2.024634e-18
YBR020W 1.000000e+00 7.431281e-16
YBR093C 3.501934e-06 9.999965e-01
YBR115C 1.000000e+00 3.256747e-13
YBR184W 9.999698e-01 3.018795e-05
YBR213W 9.556536e-01 4.434644e-02
YBR296C 3.429082e-04 9.996571e-01
YCL018W 1.000000e+00 1.786361e-22
YDL131W 1.000000e+00 1.594722e-24
YDL182W 1.000000e+00 1.841284e-13
YDL205C 1.000000e+00 2.975977e-30
YDL210W 1.000000e+00 3.140462e-15
YDR011W 1.000000e+00 4.610813e-13
YDR044W 1.000000e+00 8.800619e-23
YDR234W 9.999927e-01 7.271803e-06
YDR285W 1.000000e+00 2.621759e-13
YDR406W 1.000000e+00 1.156154e-45
YDR481C 9.990481e-01 9.519446e-04
YDR502C 9.731311e-01 2.686887e-02
YEL021W 1.000000e+00 4.286915e-26
YEL039C 1.000000e+00 9.619866e-26
YER026C 1.000000e+00 3.312368e-16
YER086W 1.000000e+00 1.008598e-32
YER091C 9.999975e-01 2.465681e-06
YER179W 1.000000e+00 1.431375e-16
YFR030W 9.177773e-01 8.222271e-02
YGL009C 1.000000e+00 6.185724e-19
YGL073W 1.000000e+00 7.137049e-16
YGL213C 1.000000e+00 1.997401e-23
YGR019W 1.000000e+00 1.346239e-13
YGR044C 9.999963e-01 3.696610e-06
YGR088W 1.000000e+00 5.234020e-26
YGR121C 1.000000e+00 8.601133e-32
YGR157W 9.431277e-01 5.687231e-02
YGR233C 4.907669e-01 5.092331e-01
YGR281W 9.999979e-01 2.071569e-06
YHL022C 1.000000e+00 1.908710e-24
YHL036W 9.988815e-01 1.118518e-03
YHR007C 1.000000e+00 2.080889e-10
YHR008C 1.000000e+00 7.607197e-15
YHR014W 1.000000e+00 6.012804e-14
YHR037W 1.000000e+00 1.979344e-15
YHR136C 9.969559e-01 3.044134e-03
YHR153C 9.999051e-01 9.486082e-05
YIL015W 1.000000e+00 1.517799e-14
YIL046W 9.467130e-02 9.053287e-01
YIL072W 1.000000e+00 9.854425e-14
YIR017C 9.756524e-01 2.434758e-02
YIR034C 1.000000e+00 1.003732e-09
YJL106W 1.000000e+00 9.703144e-22
YJL117W 9.931336e-01 6.866429e-03
YJL153C 1.000000e+00 4.995945e-14
YJL219W 1.000000e+00 2.278218e-11
YJR010W 9.755471e-01 2.445293e-02
YJR048W 1.000000e+00 1.472186e-08
YJR073C 9.999926e-01 7.404802e-06
YJR094C 1.000000e+00 3.081750e-21
YJR137C 8.144206e-01 1.855794e-01
YJR152W 1.000000e+00 6.145975e-11
YKL001C 9.799601e-01 2.003993e-02
YKL182W 1.000000e+00 1.440578e-13
YKL216W 1.000000e+00 4.690894e-27
YKR039W 1.000000e+00 1.857373e-39
YKR069W 9.619558e-01 3.804417e-02
YLR081W 9.999888e-01 1.118649e-05
YLR142W 1.000000e+00 3.624042e-08
YLR180W 9.999887e-01 1.130357e-05
YLR263W 1.000000e+00 1.378558e-21
YLR303W 9.999362e-01 6.375593e-05
YLR329W 1.000000e+00 4.302411e-11
YLR420W 1.000000e+00 5.253964e-31
YLR438W 1.000000e+00 3.424812e-12
YML051W 1.000000e+00 2.167259e-36
YML054C 9.999053e-01 9.474057e-05
YML075C 1.000000e+00 4.837775e-13
YML123C 1.674615e-08 1.000000e+00
YMR108W 1.000000e+00 2.382217e-23
YMR133W 1.000000e+00 5.322439e-21
YNL052W 1.000000e+00 2.146436e-23
YNL104C 1.000000e+00 2.508678e-14
YNL142W 1.000000e+00 1.191173e-47
YNL210W 1.000000e+00 8.192850e-16
YNL241C 1.000000e+00 3.366405e-09
YNL277W 9.999794e-01 2.056708e-05
YNR001C 1.000000e+00 3.181914e-18
YNR050C 9.999802e-01 1.983282e-05
YOL006C 1.000000e+00 2.266028e-19
YOR065W 6.766264e-01 3.233736e-01
YOR120W 1.000000e+00 7.930794e-15
YOR153W 1.000000e+00 1.312551e-12
YOR328W 1.000000e+00 1.183032e-18
YOR351C 1.000000e+00 8.828428e-13
YOR375C 1.000000e+00 3.575316e-09
YPL111W 1.000000e+00 3.637020e-17
YPL231W 1.000000e+00 2.567620e-08
YPR065W 1.000000e+00 2.062650e-09
YPR138C 1.000000e+00 2.241537e-32
YPR145W 9.999999e-01 9.540509e-08
YPR167C 1.000000e+00 1.606779e-13

$pc.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$pc.stepwise.qda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$pc.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$pc.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$pc.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$pc.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$pc.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  95   3
   PHO   1   5
attr(,"error")
[1] 0.03846154


$pc.stepwise.qda$best.p
[1] 3

$pc.stepwise.qda$best.vars
[1] 1 2 3

$pc.stepwise.qda$best.var.names
[1] "Comp.1" "Comp.2" "Comp.3"

$pc.stepwise.qda$best.error
[1] 0.03846154

$pc.stepwise.qda$pc.transform
[1] TRUE

$pc.stepwise.qda$var.order
 [1]  1  2  3  8  5  6  7  9 13 14 15 10 11 12  4


$permut.stepwise.qda
$permut.stepwise.qda$confusion.table
         error CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL PHO.PHO
1   0.07692308      96       0       8       0
2   0.07692308      96       0       8       0
3   0.07692308      96       0       8       0
4   0.06730769      96       0       7       1
5   0.07692308      96       0       8       0
6   0.07692308      96       0       8       0
7   0.07692308      96       0       8       0
8   0.07692308      96       0       8       0
9   0.07692308      96       0       8       0
10  0.07692308      96       0       8       0
11  0.06730769      95       1       6       2
12  0.07692308      96       0       8       0
13  0.07692308      96       0       8       0
14  0.07692308      96       0       8       0
15  0.07692308      96       0       8       0
16  0.07692308      96       0       8       0
17  0.07692308      96       0       8       0
18  0.07692308      96       0       8       0
19  0.07692308      96       0       8       0
20  0.07692308      96       0       8       0
21  0.07692308      96       0       8       0
22  0.06730769      95       1       6       2
23  0.07692308      96       0       8       0
24  0.07692308      96       0       8       0
25  0.07692308      96       0       8       0
26  0.07692308      96       0       8       0
27  0.06730769      95       1       6       2
28  0.07692308      96       0       8       0
29  0.07692308      96       0       8       0
30  0.07692308      94       2       6       2
31  0.07692308      96       0       8       0
32  0.07692308      96       0       8       0
33  0.07692308      96       0       8       0
34  0.07692308      96       0       8       0
35  0.07692308      96       0       8       0
36  0.07692308      96       0       8       0
37  0.07692308      96       0       8       0
38  0.07692308      96       0       8       0
39  0.08653846      95       1       8       0
40  0.06730769      95       1       6       2
41  0.07692308      96       0       8       0
42  0.07692308      96       0       8       0
43  0.06730769      96       0       7       1
44  0.07692308      96       0       8       0
45  0.07692308      96       0       8       0
46  0.07692308      96       0       8       0
47  0.06730769      96       0       7       1
48  0.07692308      96       0       8       0
49  0.07692308      96       0       8       0
50  0.07692308      96       0       8       0
51  0.07692308      96       0       8       0
52  0.07692308      96       0       8       0
53  0.07692308      96       0       8       0
54  0.07692308      96       0       8       0
55  0.07692308      96       0       8       0
56  0.07692308      96       0       8       0
57  0.07692308      96       0       8       0
58  0.08653846      95       1       8       0
59  0.06730769      95       1       6       2
60  0.07692308      96       0       8       0
61  0.07692308      96       0       8       0
62  0.07692308      96       0       8       0
63  0.07692308      96       0       8       0
64  0.07692308      96       0       8       0
65  0.07692308      96       0       8       0
66  0.07692308      96       0       8       0
67  0.07692308      96       0       8       0
68  0.07692308      96       0       8       0
69  0.05769231      95       1       5       3
70  0.07692308      96       0       8       0
71  0.07692308      96       0       8       0
72  0.07692308      96       0       8       0
73  0.08653846      95       1       8       0
74  0.07692308      96       0       8       0
75  0.07692308      96       0       8       0
76  0.08653846      95       1       8       0
77  0.05769231      96       0       6       2
78  0.06730769      96       0       7       1
79  0.07692308      96       0       8       0
80  0.07692308      96       0       8       0
81  0.07692308      96       0       8       0
82  0.07692308      96       0       8       0
83  0.07692308      96       0       8       0
84  0.07692308      96       0       8       0
85  0.07692308      94       2       6       2
86  0.07692308      96       0       8       0
87  0.08653846      94       2       7       1
88  0.06730769      96       0       7       1
89  0.07692308      96       0       8       0
90  0.07692308      96       0       8       0
91  0.07692308      96       0       8       0
92  0.07692308      96       0       8       0
93  0.07692308      96       0       8       0
94  0.06730769      94       2       5       3
95  0.07692308      96       0       8       0
96  0.07692308      96       0       8       0
97  0.07692308      96       0       8       0
98  0.07692308      96       0       8       0
99  0.07692308      95       1       7       1
100 0.08653846      95       1       8       0

$permut.stepwise.qda$errors
     permut.1   permut.2   permut.3   permut.4   permut.5   permut.6   permut.7
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.07692308 0.08653846
3  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.08653846
4  0.07692308 0.12500000 0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.10576923
5  0.11538462 0.16346154 0.11538462 0.06730769 0.09615385 0.12500000 0.09615385
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
     permut.8   permut.9  permut.10  permut.11  permut.12  permut.13  permut.14
1  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.11538462
3  0.08653846 0.11538462 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.09615385
4  0.08653846 0.11538462 0.07692308 0.06730769 0.08653846 0.09615385 0.09615385
5  0.07692308 0.09615385 0.11538462 0.10576923 0.08653846 0.12500000 0.08653846
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.15  permut.16  permut.17  permut.18  permut.19  permut.20  permut.21
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.08653846
4  0.13461538 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.08653846
5  0.12500000 0.09615385 0.11538462 0.10576923 0.07692308 0.09615385 0.09615385
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.22  permut.23  permut.24  permut.25  permut.26  permut.27  permut.28
1  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.06730769 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.06730769 0.09615385
3  0.10576923 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846
4  0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846
5  0.12500000 0.09615385 0.12500000 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.09615385
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.29  permut.30  permut.31  permut.32  permut.33  permut.34  permut.35
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846
3  0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.09615385
4  0.11538462 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.11538462 0.09615385
5  0.11538462 0.07692308 0.09615385 0.11538462 0.10576923 0.11538462 0.07692308
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.36  permut.37  permut.38  permut.39  permut.40  permut.41  permut.42
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308
2  0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.07692308
3  0.08653846 0.09615385 0.10576923 0.11538462 0.07692308 0.08653846 0.07692308
4  0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.09615385 0.06730769 0.10576923 0.07692308
5  0.12500000 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.43  permut.44  permut.45  permut.46  permut.47  permut.48  permut.49
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.08653846 0.07692308
4  0.06730769 0.10576923 0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.08653846
5  0.08653846 0.13461538 0.09615385 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.09615385
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.50  permut.51  permut.52  permut.53  permut.54  permut.55  permut.56
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308
4  0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.09615385 0.09615385 0.08653846
5  0.10576923 0.07692308 0.11538462 0.08653846 0.09615385 0.12500000 0.11538462
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.57  permut.58  permut.59  permut.60  permut.61  permut.62  permut.63
1  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.09615385 0.06730769 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.09615385 0.10576923 0.06730769 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.07692308
4  0.10576923 0.12500000 0.08653846 0.08653846 0.10576923 0.10576923 0.09615385
5  0.10576923 0.10576923 0.06730769 0.09615385 0.10576923 0.14423077 0.08653846
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.64  permut.65  permut.66  permut.67  permut.68  permut.69  permut.70
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308
3  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.06730769 0.07692308
4  0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.05769231 0.12500000
5  0.12500000 0.11538462 0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.13461538
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.71  permut.72  permut.73  permut.74  permut.75  permut.76  permut.77
1  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308
3  0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.08653846
4  0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.10576923 0.05769231
5  0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.07692308
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.78  permut.79  permut.80  permut.81  permut.82  permut.83  permut.84
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.07692308
3  0.06730769 0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.08653846
4  0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.09615385 0.10576923
5  0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.85  permut.86  permut.87  permut.88  permut.89  permut.90  permut.91
1  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.08653846 0.11538462 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308
3  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.07692308
4  0.07692308 0.08653846 0.12500000 0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.10576923
5  0.08653846 0.09615385 0.12500000 0.06730769 0.11538462 0.13461538 0.14423077
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.92  permut.93  permut.94  permut.95  permut.96  permut.97  permut.98
1  0.08653846 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.07692308
3  0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.09615385 0.10576923 0.07692308
4  0.07692308 0.11538462 0.09615385 0.11538462 0.09615385 0.10576923 0.08653846
5  0.10576923 0.14423077 0.07692308 0.10576923 0.10576923 0.10576923 0.11538462
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.99 permut.100   err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.07692308 0.08653846 0.07769231 0.003257154 0.0003257154
2  0.09615385 0.11538462 0.08375000 0.010699823 0.0010699823
3  0.07692308 0.10576923 0.08576923 0.011243311 0.0011243311
4  0.09615385 0.09615385 0.09259615 0.015074018 0.0015074018
5  0.10576923 0.10576923 0.10153846 0.018754793 0.0018754793
6          NA         NA        NaN          NA           NA
7          NA         NA        NaN          NA           NA
8          NA         NA        NaN          NA           NA
9          NA         NA        NaN          NA           NA
10         NA         NA        NaN          NA           NA
11         NA         NA        NaN          NA           NA
12         NA         NA        NaN          NA           NA
13         NA         NA        NaN          NA           NA
14         NA         NA        NaN          NA           NA
15         NA         NA        NaN          NA           NA

$permut.stepwise.qda$best.p
[1] 1

$permut.stepwise.qda$best.error
[1] 0.08653846

$permut.stepwise.qda$best.pda
$permut.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.stepwise.qda$best.pda$posterior
             CTL        PHO
  [1,] 0.8636269 0.13637315
  [2,] 0.8041119 0.19588814
  [3,] 0.9233010 0.07669901
  [4,] 0.9450853 0.05491472
  [5,] 0.9512992 0.04870083
  [6,] 0.9449726 0.05502743
  [7,] 0.9292673 0.07073274
  [8,] 0.7218576 0.27814244
  [9,] 0.9438016 0.05619836
 [10,] 0.9408230 0.05917699
 [11,] 0.9451355 0.05486450
 [12,] 0.7617855 0.23821454
 [13,] 0.9423091 0.05769093
 [14,] 0.9381943 0.06180566
 [15,] 0.9444748 0.05552520
 [16,] 0.9428629 0.05713709
 [17,] 0.9441022 0.05589780
 [18,] 0.9387791 0.06122093
 [19,] 0.9257747 0.07422530
 [20,] 0.9413143 0.05868568
 [21,] 0.9373656 0.06263438
 [22,] 0.9443935 0.05560652
 [23,] 0.9148601 0.08513986
 [24,] 0.9298748 0.07012522
 [25,] 0.9374723 0.06252765
 [26,] 0.9442377 0.05576228
 [27,] 0.9439986 0.05600140
 [28,] 0.9135755 0.08642447
 [29,] 0.7727694 0.22723062
 [30,] 0.9445802 0.05541981
 [31,] 0.9410376 0.05896244
 [32,] 0.9446533 0.05534669
 [33,] 0.9443604 0.05563964
 [34,] 0.9340714 0.06592856
 [35,] 0.9413819 0.05861814
 [36,] 0.9265623 0.07343770
 [37,] 0.9422597 0.05774029
 [38,] 0.9435935 0.05640652
 [39,] 0.9398227 0.06017731
 [40,] 0.6388295 0.36117049
 [41,] 0.9345673 0.06543268
 [42,] 0.9345194 0.06548057
 [43,] 0.9161042 0.08389575
 [44,] 0.9421266 0.05787337
 [45,] 0.9429253 0.05707472
 [46,] 0.9483218 0.05167817
 [47,] 0.9316584 0.06834160
 [48,] 0.3926515 0.60734854
 [49,] 0.9382401 0.06175988
 [50,] 0.9435499 0.05645005
 [51,] 0.8999464 0.10005359
 [52,] 0.9489147 0.05108529
 [53,] 0.9385204 0.06147962
 [54,] 0.8912923 0.10870768
 [55,] 0.9416437 0.05835633
 [56,] 0.8451851 0.15481488
 [57,] 0.9413143 0.05868568
 [58,] 0.9441712 0.05582882
 [59,] 0.9443604 0.05563964
 [60,] 0.9434155 0.05658448
 [61,] 0.8936759 0.10632414
 [62,] 0.9423750 0.05762503
 [63,] 0.9263848 0.07361517
 [64,] 0.9441716 0.05582837
 [65,] 0.9451452 0.05485482
 [66,] 0.9310726 0.06892736
 [67,] 0.9235156 0.07648439
 [68,] 0.9441022 0.05589780
 [69,] 0.9117058 0.08829425
 [70,] 0.9451503 0.05484969
 [71,] 0.9290877 0.07091228
 [72,] 0.9450573 0.05494271
 [73,] 0.9422011 0.05779885
 [74,] 0.9297195 0.07028052
 [75,] 0.9428193 0.05718068
 [76,] 0.9451338 0.05486619
 [77,] 0.9435241 0.05647586
 [78,] 0.9427653 0.05723466
 [79,] 0.9451413 0.05485872
 [80,] 0.9408952 0.05910480
 [81,] 0.8641084 0.13589161
 [82,] 0.9360125 0.06398749
 [83,] 0.9435058 0.05649422
 [84,] 0.9451489 0.05485114
 [85,] 0.9055642 0.09443581
 [86,] 0.9446362 0.05536382
 [87,] 0.9429253 0.05707472
 [88,] 0.9447214 0.05527862
 [89,] 0.9262062 0.07379381
 [90,] 0.9403757 0.05962426
 [91,] 0.9211259 0.07887412
 [92,] 0.9343212 0.06567885
 [93,] 0.9269137 0.07308627
 [94,] 0.9437719 0.05622812
 [95,] 0.9364129 0.06358713
 [96,] 0.9440344 0.05596564
 [97,] 0.9196438 0.08035621
 [98,] 0.9301604 0.06983957
 [99,] 0.9493310 0.05066898
[100,] 0.9444797 0.05552027
[101,] 0.9333007 0.06669934
[102,] 0.9361305 0.06386951
[103,] 0.9344447 0.06555532
[104,] 0.9352849 0.06471514

$permut.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL
 [55] PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO PHO CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$permut.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  95   8
   PHO   1   0
attr(,"error")
[1] 0.08653846



$permut.pc.stepwise.qda
$permut.pc.stepwise.qda$confusion.table
         error CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL PHO.PHO
1   0.08653846      95       1       8       0
2   0.08653846      94       2       7       1
3   0.07692308      96       0       8       0
4   0.07692308      96       0       8       0
5   0.07692308      96       0       8       0
6   0.07692308      96       0       8       0
7   0.07692308      96       0       8       0
8   0.07692308      96       0       8       0
9   0.07692308      96       0       8       0
10  0.07692308      96       0       8       0
11  0.07692308      96       0       8       0
12  0.07692308      96       0       8       0
13  0.07692308      96       0       8       0
14  0.07692308      96       0       8       0
15  0.07692308      96       0       8       0
16  0.07692308      96       0       8       0
17  0.07692308      96       0       8       0
18  0.09615385      94       2       8       0
19  0.07692308      96       0       8       0
20  0.07692308      96       0       8       0
21  0.07692308      95       1       7       1
22  0.07692308      96       0       8       0
23  0.07692308      96       0       8       0
24  0.07692308      96       0       8       0
25  0.07692308      96       0       8       0
26  0.08653846      95       1       8       0
27  0.07692308      96       0       8       0
28  0.07692308      96       0       8       0
29  0.07692308      96       0       8       0
30  0.07692308      96       0       8       0
31  0.07692308      96       0       8       0
32  0.07692308      96       0       8       0
33  0.07692308      96       0       8       0
34  0.06730769      96       0       7       1
35  0.09615385      94       2       8       0
36  0.07692308      96       0       8       0
37  0.07692308      96       0       8       0
38  0.07692308      96       0       8       0
39  0.07692308      96       0       8       0
40  0.07692308      96       0       8       0
41  0.07692308      96       0       8       0
42  0.07692308      96       0       8       0
43  0.07692308      96       0       8       0
44  0.07692308      96       0       8       0
45  0.08653846      95       1       8       0
46  0.07692308      96       0       8       0
47  0.07692308      96       0       8       0
48  0.07692308      96       0       8       0
49  0.07692308      96       0       8       0
50  0.07692308      96       0       8       0
51  0.07692308      95       1       7       1
52  0.07692308      96       0       8       0
53  0.07692308      93       3       5       3
54  0.07692308      96       0       8       0
55  0.07692308      96       0       8       0
56  0.07692308      96       0       8       0
57  0.07692308      96       0       8       0
58  0.06730769      95       1       6       2
59  0.07692308      96       0       8       0
60  0.07692308      96       0       8       0
61  0.07692308      96       0       8       0
62  0.07692308      96       0       8       0
63  0.07692308      96       0       8       0
64  0.07692308      96       0       8       0
65  0.07692308      96       0       8       0
66  0.07692308      96       0       8       0
67  0.07692308      96       0       8       0
68  0.08653846      95       1       8       0
69  0.07692308      96       0       8       0
70  0.07692308      96       0       8       0
71  0.07692308      96       0       8       0
72  0.07692308      96       0       8       0
73  0.07692308      96       0       8       0
74  0.06730769      95       1       6       2
75  0.07692308      96       0       8       0
76  0.07692308      96       0       8       0
77  0.08653846      95       1       8       0
78  0.07692308      96       0       8       0
79  0.07692308      96       0       8       0
80  0.07692308      96       0       8       0
81  0.07692308      96       0       8       0
82  0.07692308      96       0       8       0
83  0.07692308      96       0       8       0
84  0.07692308      96       0       8       0
85  0.07692308      96       0       8       0
86  0.07692308      94       2       6       2
87  0.07692308      96       0       8       0
88  0.07692308      96       0       8       0
89  0.07692308      96       0       8       0
90  0.08653846      95       1       8       0
91  0.08653846      95       1       8       0
92  0.07692308      96       0       8       0
93  0.07692308      96       0       8       0
94  0.07692308      94       2       6       2
95  0.07692308      96       0       8       0
96  0.07692308      96       0       8       0
97  0.07692308      96       0       8       0
98  0.07692308      96       0       8       0
99  0.07692308      96       0       8       0
100 0.09615385      94       2       8       0

$permut.pc.stepwise.qda$errors
     permut.1   permut.2   permut.3   permut.4   permut.5   permut.6   permut.7
1  0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.11538462 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.09615385
3  0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.07692308 0.09615385
4  0.11538462 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.13461538 0.07692308 0.08653846
5  0.11538462 0.08653846 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.08653846
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
     permut.8   permut.9  permut.10  permut.11  permut.12  permut.13  permut.14
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.10576923 0.07692308 0.09615385 0.12500000 0.07692308 0.08653846 0.07692308
4  0.12500000 0.07692308 0.12500000 0.12500000 0.08653846 0.08653846 0.10576923
5  0.14423077 0.11538462 0.10576923 0.09615385 0.11538462 0.08653846 0.09615385
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.15  permut.16  permut.17  permut.18  permut.19  permut.20  permut.21
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.09615385 0.08653846
3  0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.11538462 0.07692308 0.09615385 0.09615385
4  0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.09615385
5  0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.09615385 0.10576923 0.10576923 0.07692308
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.22  permut.23  permut.24  permut.25  permut.26  permut.27  permut.28
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.10576923 0.12500000 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.07692308
3  0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.08653846
4  0.08653846 0.10576923 0.08653846 0.07692308 0.12500000 0.07692308 0.10576923
5  0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.29  permut.30  permut.31  permut.32  permut.33  permut.34  permut.35
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385
2  0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.12500000
3  0.08653846 0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846 0.11538462
4  0.10576923 0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.12500000
5  0.11538462 0.13461538 0.11538462 0.08653846 0.10576923 0.06730769 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.36  permut.37  permut.38  permut.39  permut.40  permut.41  permut.42
1  0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.09615385
3  0.11538462 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.09615385
4  0.10576923 0.08653846 0.08653846 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.09615385
5  0.09615385 0.08653846 0.12500000 0.08653846 0.08653846 0.13461538 0.11538462
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.43  permut.44  permut.45  permut.46  permut.47  permut.48  permut.49
1  0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.07692308 0.07692308
2  0.11538462 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.10576923
3  0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.10576923
4  0.10576923 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.11538462 0.07692308 0.09615385
5  0.10576923 0.11538462 0.09615385 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.09615385
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.50  permut.51  permut.52  permut.53  permut.54  permut.55  permut.56
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.07692308
3  0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.09615385 0.07692308
4  0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.09615385 0.10576923 0.08653846
5  0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.57  permut.58  permut.59  permut.60  permut.61  permut.62  permut.63
1  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.09615385 0.06730769 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.07692308
3  0.09615385 0.06730769 0.10576923 0.10576923 0.09615385 0.07692308 0.08653846
4  0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.07692308 0.08653846
5  0.10576923 0.08653846 0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.08653846 0.07692308
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.64  permut.65  permut.66  permut.67  permut.68  permut.69  permut.70
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.11538462 0.07692308 0.09615385
3  0.09615385 0.09615385 0.08653846 0.10576923 0.10576923 0.07692308 0.07692308
4  0.09615385 0.10576923 0.08653846 0.10576923 0.11538462 0.07692308 0.09615385
5  0.09615385 0.09615385 0.12500000 0.10576923 0.09615385 0.08653846 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.71  permut.72  permut.73  permut.74  permut.75  permut.76  permut.77
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.07692308 0.07692308 0.08653846
2  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.06730769 0.08653846 0.07692308 0.11538462
3  0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.06730769 0.09615385 0.07692308 0.10576923
4  0.07692308 0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.09615385 0.09615385 0.11538462
5  0.12500000 0.09615385 0.12500000 0.09615385 0.11538462 0.13461538 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.78  permut.79  permut.80  permut.81  permut.82  permut.83  permut.84
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.09615385 0.07692308 0.07692308
3  0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.12500000 0.08653846 0.07692308 0.07692308
4  0.10576923 0.07692308 0.07692308 0.14423077 0.09615385 0.14423077 0.08653846
5  0.10576923 0.09615385 0.09615385 0.12500000 0.09615385 0.14423077 0.10576923
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.85  permut.86  permut.87  permut.88  permut.89  permut.90  permut.91
1  0.07692308 0.08653846 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.08653846 0.08653846
2  0.09615385 0.09615385 0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.11538462 0.10576923
3  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.10576923 0.08653846 0.10576923
4  0.07692308 0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.11538462 0.08653846 0.12500000
5  0.07692308 0.09615385 0.09615385 0.12500000 0.11538462 0.08653846 0.11538462
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.92  permut.93  permut.94  permut.95  permut.96  permut.97  permut.98
1  0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308 0.07692308
2  0.07692308 0.07692308 0.11538462 0.11538462 0.10576923 0.10576923 0.10576923
3  0.08653846 0.07692308 0.10576923 0.07692308 0.10576923 0.11538462 0.10576923
4  0.09615385 0.08653846 0.07692308 0.08653846 0.10576923 0.11538462 0.12500000
5  0.09615385 0.10576923 0.09615385 0.09615385 0.11538462 0.11538462 0.12500000
6          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
7          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
8          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
9          NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
10         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
11         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
12         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
13         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
14         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
15         NA         NA         NA         NA         NA         NA         NA
    permut.99 permut.100   err.mean      err.sd    err.sterr
1  0.07692308 0.09615385 0.07884615 0.005113616 0.0005113616
2  0.10576923 0.10576923 0.08923077 0.014724575 0.0014724575
3  0.10576923 0.10576923 0.09048077 0.013943731 0.0013943731
4  0.12500000 0.11538462 0.09644231 0.016196928 0.0016196928
5  0.12500000 0.11538462 0.10163462 0.015657484 0.0015657484
6          NA         NA        NaN          NA           NA
7          NA         NA        NaN          NA           NA
8          NA         NA        NaN          NA           NA
9          NA         NA        NaN          NA           NA
10         NA         NA        NaN          NA           NA
11         NA         NA        NaN          NA           NA
12         NA         NA        NaN          NA           NA
13         NA         NA        NaN          NA           NA
14         NA         NA        NaN          NA           NA
15         NA         NA        NaN          NA           NA

$permut.pc.stepwise.qda$best.p
[1] 1

$permut.pc.stepwise.qda$best.error
[1] 0.09615385

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda
$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$class
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$posterior
             CTL        PHO
  [1,] 0.9149768 0.08502316
  [2,] 0.7365890 0.26341095
  [3,] 0.9441343 0.05586573
  [4,] 0.9539538 0.04604624
  [5,] 0.9520297 0.04797028
  [6,] 0.9527397 0.04726032
  [7,] 0.9512638 0.04873617
  [8,] 0.4889375 0.51106248
  [9,] 0.9533620 0.04663795
 [10,] 0.9415583 0.05844170
 [11,] 0.9498506 0.05014939
 [12,] 0.7491344 0.25086555
 [13,] 0.9458094 0.05419063
 [14,] 0.9514342 0.04856582
 [15,] 0.9534394 0.04656057
 [16,] 0.9453793 0.05462075
 [17,] 0.9538444 0.04615555
 [18,] 0.9505895 0.04941051
 [19,] 0.9513116 0.04868836
 [20,] 0.9522668 0.04773320
 [21,] 0.9501222 0.04987776
 [22,] 0.9482634 0.05173664
 [23,] 0.9299729 0.07002707
 [24,] 0.9031804 0.09681957
 [25,] 0.9412877 0.05871230
 [26,] 0.9492052 0.05079477
 [27,] 0.9538070 0.04619300
 [28,] 0.9398197 0.06018027
 [29,] 0.8071425 0.19285752
 [30,] 0.9522254 0.04777462
 [31,] 0.8719405 0.12805952
 [32,] 0.9481335 0.05186653
 [33,] 0.9534730 0.04652696
 [34,] 0.9510321 0.04896786
 [35,] 0.9536708 0.04632918
 [36,] 0.9480255 0.05197454
 [37,] 0.9530279 0.04697208
 [38,] 0.9467279 0.05327212
 [39,] 0.9428119 0.05718813
 [40,] 0.8614696 0.13853040
 [41,] 0.9478018 0.05219818
 [42,] 0.9337948 0.06620518
 [43,] 0.8007693 0.19923071
 [44,] 0.9540438 0.04595616
 [45,] 0.9575517 0.04244828
 [46,] 0.9540499 0.04595007
 [47,] 0.9541043 0.04589575
 [48,] 0.6448678 0.35513223
 [49,] 0.9474934 0.05250664
 [50,] 0.9539906 0.04600942
 [51,] 0.7790235 0.22097653
 [52,] 0.9533190 0.04668103
 [53,] 0.9164660 0.08353395
 [54,] 0.9433831 0.05661686
 [55,] 0.9532592 0.04674082
 [56,] 0.8789727 0.12102725
 [57,] 0.9494694 0.05053057
 [58,] 0.9571428 0.04285723
 [59,] 0.9134956 0.08650437
 [60,] 0.9526524 0.04734763
 [61,] 0.9058113 0.09418869
 [62,] 0.9539544 0.04604561
 [63,] 0.8378459 0.16215405
 [64,] 0.9493663 0.05063369
 [65,] 0.9364274 0.06357260
 [66,] 0.9525561 0.04744392
 [67,] 0.9351714 0.06482862
 [68,] 0.9416367 0.05836327
 [69,] 0.9293854 0.07061463
 [70,] 0.9421286 0.05787142
 [71,] 0.9398461 0.06015388
 [72,] 0.9533198 0.04668016
 [73,] 0.9528372 0.04716285
 [74,] 0.9308180 0.06918201
 [75,] 0.9531615 0.04683848
 [76,] 0.9467836 0.05321638
 [77,] 0.9530240 0.04697602
 [78,] 0.9494697 0.05053028
 [79,] 0.9495512 0.05044879
 [80,] 0.9536960 0.04630401
 [81,] 0.4418831 0.55811688
 [82,] 0.9459987 0.05400132
 [83,] 0.9570450 0.04295500
 [84,] 0.9539610 0.04603895
 [85,] 0.9350739 0.06492608
 [86,] 0.9497576 0.05024244
 [87,] 0.9466660 0.05333397
 [88,] 0.9575590 0.04244096
 [89,] 0.6699493 0.33005066
 [90,] 0.9529248 0.04707521
 [91,] 0.9407649 0.05923506
 [92,] 0.9537879 0.04621208
 [93,] 0.9029781 0.09702186
 [94,] 0.9535443 0.04645574
 [95,] 0.9525671 0.04743290
 [96,] 0.9541082 0.04589182
 [97,] 0.9510369 0.04896314
 [98,] 0.9523715 0.04762853
 [99,] 0.9461583 0.05384169
[100,] 0.9532886 0.04671138
[101,] 0.9514777 0.04852231
[102,] 0.9354446 0.06455535
[103,] 0.9474586 0.05254142
[104,] 0.9491284 0.05087160

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$call
qda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$training.label
  [1] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL CTL CTL PHO PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL PHO CTL PHO
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$pda.method
[1] "qda"

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$loo
[1] TRUE

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$permut.pc.stepwise.qda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  94   8
   PHO   2   0
attr(,"error")
[1] 0.09615385



$max.p
[1] 15

$errors
   stepwise.lda pc.stepwise.lda permut.stepwise.lda permut.pc.stepwise.lda
1   0.028846154      0.06730769          0.07682692             0.07644231
2   0.028846154      0.04807692          0.07673077             0.07625000
3   0.019230769      0.03846154          0.07673077             0.07576923
4   0.019230769      0.02884615          0.07644231             0.07528846
5   0.009615385      0.02884615          0.07634615             0.07519231
6   0.009615385      0.02884615          0.07625000             0.07509615
7   0.009615385      0.02884615          0.07634615             0.07480769
8   0.009615385      0.02884615          0.07663462             0.07567308
9   0.009615385      0.02884615          0.07769231             0.07663462
10  0.019230769      0.02884615          0.07778846             0.07778846
11  0.028846154      0.01923077          0.07961538             0.08038462
12  0.038461538      0.01923077          0.08365385             0.08355769
13  0.038461538      0.01923077          0.08663462             0.08807692
14  0.028846154      0.02884615          0.09336538             0.09509615
15  0.048076923      0.04807692          0.10442308             0.10740385
   stepwise.qda pc.stepwise.qda permut.stepwise.qda permut.pc.stepwise.qda
1    0.02884615      0.07692308          0.07769231             0.07884615
2    0.03846154      0.04807692          0.08375000             0.08923077
3    0.05769231      0.03846154          0.08576923             0.09048077
4    0.05769231      0.04807692          0.09259615             0.09644231
5    0.05769231      0.04807692          0.10153846             0.10163462
6            NA              NA                 NaN                    NaN
7            NA              NA                 NaN                    NaN
8            NA              NA                 NaN                    NaN
9            NA              NA                 NaN                    NaN
10           NA              NA                 NaN                    NaN
11           NA              NA                 NaN                    NaN
12           NA              NA                 NaN                    NaN
13           NA              NA                 NaN                    NaN
14           NA              NA                 NaN                    NaN
15           NA              NA                 NaN                    NaN

$legend.labels
[1] "LDA"                   "LDA with PC"           "LDA, permuted"        
[4] "LDA with PC, permuted" "QDA"                   "QDA with PC"          
[7] "QDA, permuted"         "QDA with PC, permuted"

$confusion.table
                        p       error CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL PHO.PHO
stepwise.lda            9 0.009615385      96       0       1       7
pc.stepwise.lda        13 0.019230769      96       0       2       6
permut.stepwise.lda    14 0.076923077      96       0       8       0
permut.pc.stepwise.lda 14 0.076923077      96       0       8       0
stepwise.qda            1 0.028846154      94       2       1       7
pc.stepwise.qda         3 0.038461538      95       1       3       5
permut.stepwise.qda     1 0.086538462      95       1       8       0
permut.pc.stepwise.qda  1 0.096153846      94       2       8       0

$best.errors
[1] 0.009615385

$best.vars
[1]  1  8  2  5  4  6  9 14 15

$best.method
[1] "stepwise.lda"

$best.pda
$best.pda$max.p
[1] 15

$best.pda$errors
 [1] 0.028846154 0.028846154 0.019230769 0.019230769 0.009615385 0.009615385
 [7] 0.009615385 0.009615385 0.009615385 0.019230769 0.028846154 0.038461538
[13] 0.038461538 0.028846154 0.048076923

$best.pda$confusion.table
   step               error added.var added.var.name CTL.CTL CTL.PHO PHO.CTL
1     1  0.0288461538461539         1        Pho4p.1      94       2       1
2     2  0.0288461538461539         8      Pho4p.t.2      94       2       1
3     3  0.0192307692307693         2        Pho4p.2      96       0       2
4     4  0.0192307692307693         5      Pho4p.g.2      96       0       2
5     5 0.00961538461538458         4      Pho4p.g.1      96       0       1
6     6 0.00961538461538458         6      Pho4p.g.3      96       0       1
7     7 0.00961538461538458         9      Pho4p.t.3      96       0       1
8     8 0.00961538461538458        14       Met31p.2      96       0       1
9     9 0.00961538461538458        15       Met31p.3      96       0       1
10   10  0.0192307692307693         3        Pho4p.3      95       1       1
11   11  0.0288461538461539        10        Met4p.1      94       2       1
12   12  0.0384615384615384        11        Met4p.2      94       2       2
13   13  0.0384615384615384        12        Met4p.3      94       2       2
14   14  0.0288461538461539        13       Met31p.1      95       1       2
15   15  0.0480769230769231         7      Pho4p.t.1      95       1       4
   PHO.PHO
1        7
2        7
3        6
4        6
5        7
6        7
7        7
8        7
9        7
10       7
11       7
12       6
13       6
14       6
15       4

$best.pda$best.pda
$best.pda$best.pda$class
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$best.pda$best.pda$posterior
                 CTL          PHO
YAL038W 7.965032e-01 2.034968e-01
YAR071W 3.388273e-04 9.996612e-01
YBL005W 9.999995e-01 5.027392e-07
YBL030C 9.999997e-01 3.209931e-07
YBR006W 9.999875e-01 1.248407e-05
YBR018C 9.999989e-01 1.142965e-06
YBR020W 9.999998e-01 2.182245e-07
YBR093C 2.585030e-03 9.974150e-01
YBR115C 1.000000e+00 7.481128e-09
YBR184W 9.999975e-01 2.537476e-06
YBR213W 9.999946e-01 5.366225e-06
YBR296C 2.907842e-03 9.970922e-01
YCL018W 9.999997e-01 3.136296e-07
YDL131W 9.999879e-01 1.210967e-05
YDL182W 9.997690e-01 2.310062e-04
YDL205C 9.999998e-01 1.843386e-07
YDL210W 9.999987e-01 1.338495e-06
YDR011W 9.999996e-01 4.158924e-07
YDR044W 1.000000e+00 1.922981e-08
YDR234W 9.999929e-01 7.067700e-06
YDR285W 1.000000e+00 2.746754e-08
YDR406W 9.999976e-01 2.443476e-06
YDR481C 9.915212e-01 8.478801e-03
YDR502C 9.999685e-01 3.151066e-05
YEL021W 9.999998e-01 1.813214e-07
YEL039C 9.999997e-01 3.140912e-07
YER026C 9.999917e-01 8.280237e-06
YER086W 1.000000e+00 2.659404e-10
YER091C 9.972746e-01 2.725357e-03
YER179W 9.999997e-01 2.684463e-07
YFR030W 9.992642e-01 7.358027e-04
YGL009C 9.999999e-01 6.200187e-08
YGL073W 7.529262e-01 2.470738e-01
YGL213C 9.427419e-01 5.725808e-02
YGR019W 9.961252e-01 3.874811e-03
YGR044C 9.999926e-01 7.437512e-06
YGR088W 9.996475e-01 3.524736e-04
YGR121C 9.999988e-01 1.165344e-06
YGR157W 9.999961e-01 3.860136e-06
YGR233C 1.347238e-01 8.652762e-01
YGR281W 9.994760e-01 5.240029e-04
YHL022C 1.000000e+00 1.980744e-08
YHL036W 9.957400e-01 4.259979e-03
YHR007C 9.999461e-01 5.389244e-05
YHR008C 9.999963e-01 3.735760e-06
YHR014W 9.999879e-01 1.209630e-05
YHR037W 9.988953e-01 1.104661e-03
YHR136C 1.257127e-01 8.742873e-01
YHR153C 9.999294e-01 7.061018e-05
YIL015W 9.999993e-01 7.282073e-07
YIL046W 5.890541e-01 4.109459e-01
YIL072W 9.999995e-01 5.304561e-07
YIR017C 9.998964e-01 1.035908e-04
YIR034C 8.857197e-01 1.142803e-01
YJL106W 9.999254e-01 7.455425e-05
YJL117W 3.827189e-01 6.172811e-01
YJL153C 9.999984e-01 1.626684e-06
YJL219W 9.998283e-01 1.717205e-04
YJR010W 9.998590e-01 1.409650e-04
YJR048W 9.999965e-01 3.479809e-06
YJR073C 9.729732e-01 2.702676e-02
YJR094C 9.999193e-01 8.065775e-05
YJR137C 9.946207e-01 5.379312e-03
YJR152W 9.999063e-01 9.374672e-05
YKL001C 9.981852e-01 1.814796e-03
YKL182W 9.999998e-01 2.061234e-07
YKL216W 9.999997e-01 3.430954e-07
YKR039W 9.999999e-01 6.670782e-08
YKR069W 9.158720e-01 8.412801e-02
YLR081W 9.999756e-01 2.442356e-05
YLR142W 9.999826e-01 1.736332e-05
YLR180W 9.980476e-01 1.952355e-03
YLR263W 1.000000e+00 3.780989e-08
YLR303W 9.972447e-01 2.755284e-03
YLR329W 9.999812e-01 1.877248e-05
YLR420W 9.999851e-01 1.493622e-05
YLR438W 9.996057e-01 3.943007e-04
YML051W 9.999993e-01 6.710791e-07
YML054C 9.996004e-01 3.996029e-04
YML075C 9.999995e-01 4.784704e-07
YML123C 4.489956e-07 9.999996e-01
YMR108W 9.999610e-01 3.904154e-05
YMR133W 1.000000e+00 6.593467e-09
YNL052W 9.999678e-01 3.221368e-05
YNL104C 9.374390e-01 6.256101e-02
YNL142W 9.999997e-01 3.391895e-07
YNL210W 1.000000e+00 4.130750e-08
YNL241C 9.999877e-01 1.229035e-05
YNL277W 9.980355e-01 1.964533e-03
YNR001C 9.999999e-01 1.139774e-07
YNR050C 9.997762e-01 2.238001e-04
YOL006C 9.998264e-01 1.735556e-04
YOR065W 9.980557e-01 1.944334e-03
YOR120W 9.999997e-01 3.451870e-07
YOR153W 9.999028e-01 9.719900e-05
YOR328W 9.999775e-01 2.249262e-05
YOR351C 9.999999e-01 5.555204e-08
YOR375C 9.999723e-01 2.768468e-05
YPL111W 9.999994e-01 5.694100e-07
YPL231W 9.921173e-01 7.882721e-03
YPR065W 9.999957e-01 4.255951e-06
YPR138C 9.999998e-01 1.585587e-07
YPR145W 9.992637e-01 7.363201e-04
YPR167C 9.994230e-01 5.770336e-04

$best.pda$best.pda$call
lda(x = data.training, grouping = labels.training, CV = loo, 
    na.action = na.omit)

$best.pda$best.pda$training.names
  [1] "YAL038W" "YAR071W" "YBL005W" "YBL030C" "YBR006W" "YBR018C" "YBR020W"
  [8] "YBR093C" "YBR115C" "YBR184W" "YBR213W" "YBR296C" "YCL018W" "YDL131W"
 [15] "YDL182W" "YDL205C" "YDL210W" "YDR011W" "YDR044W" "YDR234W" "YDR285W"
 [22] "YDR406W" "YDR481C" "YDR502C" "YEL021W" "YEL039C" "YER026C" "YER086W"
 [29] "YER091C" "YER179W" "YFR030W" "YGL009C" "YGL073W" "YGL213C" "YGR019W"
 [36] "YGR044C" "YGR088W" "YGR121C" "YGR157W" "YGR233C" "YGR281W" "YHL022C"
 [43] "YHL036W" "YHR007C" "YHR008C" "YHR014W" "YHR037W" "YHR136C" "YHR153C"
 [50] "YIL015W" "YIL046W" "YIL072W" "YIR017C" "YIR034C" "YJL106W" "YJL117W"
 [57] "YJL153C" "YJL219W" "YJR010W" "YJR048W" "YJR073C" "YJR094C" "YJR137C"
 [64] "YJR152W" "YKL001C" "YKL182W" "YKL216W" "YKR039W" "YKR069W" "YLR081W"
 [71] "YLR142W" "YLR180W" "YLR263W" "YLR303W" "YLR329W" "YLR420W" "YLR438W"
 [78] "YML051W" "YML054C" "YML075C" "YML123C" "YMR108W" "YMR133W" "YNL052W"
 [85] "YNL104C" "YNL142W" "YNL210W" "YNL241C" "YNL277W" "YNR001C" "YNR050C"
 [92] "YOL006C" "YOR065W" "YOR120W" "YOR153W" "YOR328W" "YOR351C" "YOR375C"
 [99] "YPL111W" "YPL231W" "YPR065W" "YPR138C" "YPR145W" "YPR167C"

$best.pda$best.pda$training.label
  [1] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [19] CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [37] CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [55] CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [73] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL PHO CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
 [91] CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL CTL
Levels: CTL PHO

$best.pda$best.pda$pda.method
[1] "lda"

$best.pda$best.pda$loo
[1] TRUE

$best.pda$best.pda$validation
[1] "LOO"

$best.pda$best.pda$confusion
      true
object CTL PHO
   CTL  96   1
   PHO   0   7
attr(,"error")
[1] 0.009615385


$best.pda$best.p
[1] 9

$best.pda$best.vars
[1]  1  8  2  5  4  6  9 14 15

$best.pda$best.var.names
[1] "Pho4p.1"   "Pho4p.t.2" "Pho4p.2"   "Pho4p.g.2" "Pho4p.g.1" "Pho4p.g.3"
[7] "Pho4p.t.3" "Met31p.2"  "Met31p.3" 

$best.pda$best.error
[1] 0.009615385

$best.pda$pc.transform
[1] FALSE

$best.pda$var.order
 [1]  1  8  2  5  4  6  9 14 15  3 10 11 12 13  7


